最近还是大量粉丝留言表示自己因为疫情困在家里,想做数据挖掘混个本科毕业论文,但是看完我的GEO数据挖掘视频后,想下载个数据集,就被卡死了,实在是巧妇难为无米之炊!
这个不怪大家,我给大家的免费的GEO数据挖掘视频其实录制很早了,那个时候还没有写:GEO数据库中国区镜像
上次推送完GEO数据库中国区镜像,反响很不错,我自己在给大家做免费数据分析的时候也是使用它。
说明大家是认可我们的!
因为目前 AnnoProbe 包 在 GitHub,所以不要使用其它方法安装,只能是下面的 install_github 函数哦:
library(devtools)
install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
library(AnnoProbe)
如果你安装失败,应该是你无法连接GitHub的原因,可以考虑下载包到本地,自己去搜索解决方案吧!
使用起来非常方便,就一句话,找到你的GSE数据集的ID,传给我们的函数即可,真的是完全没有门槛了!
gset <- geoChina("GSE11924")
gset <- geoChina("GSE16515")
gset <- geoChina("GSE16757")
gset <- geoChina("GSE1818")
gset <- geoChina("GSE18842")
gset <- geoChina("GSE23561")
gset <- geoChina("GSE24460")
gset <- geoChina("GSE28735")
gset <- geoChina("GSE55940")
gset <- geoChina("GSE59867")
gset <- geoChina("GSE68004")
gset <- geoChina("GSE8157")
下载后的 gset 对象就可以走我们的GEO数据挖掘流程啦!
运行下面的代码,加载一个函数文件即可:
source('http://raw.githubusercontent.com/jmzeng1314/GEOmirror/master/R/geoChina.R')
可是我的拖延症啊,开发得没完没了,现在还没有大块时间能系统性完成它!
全部的秘密在我学徒的推文里面:GEO数据挖掘流程——代码版(方便抄袭)
同样的代码,你可以处理自己的数据集哦。
因为功能非常简单,just a replacement of getGEO function from GEOquery package.
所以是不会有bug的,但是,也许大家在使用的过程有新的需求,我可以酌情根据时间来开发增加功能,感兴趣可以进入我们的交流群:4年前的TCGA重磅资料你学了吗
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