NGS流程层出不穷,哪怕是以我持续7年累积写作1.3万篇教程的高产来说,也没办法囊括全部的知识点。
但是只需要学到了我的知识整理方法,对一个入门级别工程师来说,摸索新流程其实并不难!这里,我们以CUT&Tag 数据处理为例子,因为今早起来我在朋友圈看到了“二货潜”的分享,非常认真的一个小伙伴,他给CUT&Tag 数据处理写了一个手把手教程,没有遇到应有的读者,值得大力推荐:
如果你看过我表观组学,比如《ChIP-seq数据分析》 和 《ATAC-seq数据分析》 就会分析,其实绝大部分ngs组学流程数据处理大同小异的,当然了,肯定是会有一些细微差异是需要注意的。
比如我在生信技能树就录制了多个NGS组学数据分析教学视频的,都免费在B站,而且组建好交流群,见:
如果你认真看了我是五年前是如何设置这些ngs教学大纲就应该是很容易明白,一个新的ngs流程该如何学习。无非是找案例,看综述,画流程,安装软件,调试测试数据,解释图表,最后延伸到自己的数据。
但是,什么是一个入门级别工程师呢,我认为首先必须具备生物信息学编程基础知识,就是基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理。
再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理:
把R的知识点路线图搞定,如下:
Linux的6个阶段也跨越过去 ,一般来说,每个阶段都需要至少一天以上的学习:
自学这个CUT&Tag 数据处理,完成 Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag. Nat Protoc 2020 Oct;文章的配套数据:GSE145187的处理。
联系客服