LncRNA 从入门到精通专辑目录精选

咱们《生信技能树》的B站有一个LncRNA数据分析实战视频课程，缺乏配套笔记。年前雇佣了一个实习生系统性跟着我的课程做了一个中国人群的肾癌队列转录组测序数据的LncRNA的组装和鉴定，并且形成了完善的笔记小册子。

背景知识

• 1.LncRNA的一些基础知识
• 2.LncRNA芯片的一般分析流程
• 3.LncRNA-seq的一般分析流程
• 4.网页工具推测非编码RNA的生物学功能（lncRNA表达矩阵免费分析）
• 5.lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释视频课程众筹
• 6.鉴定新的lncRNA之上游流程
• 7.lncRNA芯片的探针到底该如何注释到基因组信息呢
• 8.100篇泛癌研究文献解读之驱动lncRNA
• 9.这3个lncRNA组成的食管癌诊断分类器在tcga数据库能否复现

软件用法列表

• lncRNA组装流程的软件介绍之MultiQC
• lncRNA组装流程的软件介绍之aspera
• lncRNA组装流程的软件介绍之trim-galore
• lncRNA组装流程的软件介绍之FastQC
• 软件介绍之Samtools
• 软件介绍之Hisat2
• 软件介绍之CPAT
• 软件介绍之BLAST
• lncRNA组装流程的软件介绍之diamond
• lncRNA组装流程的软件介绍之CPC2
• lncRNA组装流程的软件介绍之featureCounts
• lncRNA组装流程的软件介绍软件推荐之DEseq2
• lncRNA组装流程的软件介绍之PLEK
• lncRNA组装流程的软件介绍之gffcompare
• lncRNA组装流程的软件介绍之bedtools
• lncRNA组装流程的软件介绍之bamCoverage
• lncRNA组装流程的软件介绍之transeq
• lncRNA组装流程的软件介绍之lncFinder
• lncRNA组装流程的软件介绍之Stringtie
• lncRNA组装流程的软件介绍之seqtk
• lncRNA组装流程的软件介绍本地化NR数据库|按物种拆分
• lncRNA组装流程的软件介绍服务器安装IGV

案例精选

• 4个发育时间点的总共12个鸡转录组测序样本的长非编码RNA的鉴定
• 59匹马的8个组织的长非编码RNA的鉴定
• 9个组织的37个样本的大豆的长非编码RNA的鉴定
• 中国荷斯坦奶牛新的lncRNA全基因组鉴定
• 纯数据挖掘之仔猪的长非编码RNA的鉴定
• 高原牦牛的长非编码RNA的鉴定
• 糖尿病视网膜病变患者的长非编码RNA的鉴定
• 苹果小卷蛾长非编码RNA的鉴定
• 胡萝卜的长非编码RNA的鉴定
• 急性髓系白血病的lncRNAs表观遗传图谱