MSA相关的自主神经功能障碍（家族性自主神经异常）主要累及泌尿生殖系统和心血管系统。而且，早发和严重家族性自主神经异常是患者具有更快速进展病程的预测因子。MSA患者常表现出广泛的泌尿生殖系统功能障碍，包括男性的勃起功能障碍和女性的生殖器敏感性降低；尿频、尿急、膀胱排空不完全；而尿失禁是其最常见的表现。神经源性直立性低血压是由去甲肾上腺素能神经传递不足，去甲肾上腺素从交感神经血管运动神经元释放减少所致
直立性低血压的其它特征性症状包括全身无力、震颤、头痛、颈部疼痛（常被描述为“衣架痛”，也就是只发生在直立位时的疼痛
有高达50%的MSA患者存在锥体束征，并伴有全身性反射亢进及足跖反射异常；其中，MSA-C出现这些体征的几率较MSA-P更高。出现痉挛性截瘫也应疑及MAS诊断。吞咽困难可见于约50%的早期MSA患者，且被证明是患者预后不良的指标。此外，流涎也较常见
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