疑惑解决 | 关于“重现 Nature Plant 番茄分支位点鉴定的 BSAseq 分析结果”

前述，我们推了一份教程，《QTLseq数据分析，鼠标点点，复现 Nature Plant 番茄论文结果》，其中详细较少了如何使用 TBtools 的系列插件，在本地笔记本电脑上完成 BSAseq 或 QTLseq 数据分析。从原始测序数据fastq文件开始，到最后的 QTL 位点。
在该教程中，我们基本重现了数据来源论文的分析结果，但也同时发现定位出来的位点与实际位点有偏移，大体原因如下：

其一，使用的参考基因组序列版本不对，查看后，得到确认，所以偏移量直接从 5Mb 缩小到 2Mb

其二，尽管缩小，但仍然存在坐标偏移，于是审视了流程，发现如下

当然，这个事情就这样了。不过我还是不死心，因为你不去确认一下到底是不是使用的数据问题，就会留下这个疑问。于是我直接上了所有数据，花多了两天的计算时间。结果如下
前述只使用一部分数据的结果（混池17:21），位置明显偏移到60Mb+

此处我们使用全部数据的结果（混池35:35），那么到文稿验证的基因位置多了一个关键峰值，大概在 59Mb+ 的位置。

Emmm，完美。所以BSAseq混池的样品，还是要足够多才好。