物种树获得及分析基因复制丢失

前述，我顺手写了一个「Gene Gain & Lost Analysis」插件，认为使用门槛较高没有释放，后面丢给朋友去做众筹，由他们去处理相关用户问题。这个分析涉及到物种树输入。获得一个物种树，是一个麻烦事。为此，我优化了两个功能，感觉不错。不过朋友提到有另一个途径，那就是使用 timetree 网站工具。听起来不错，于是邀请了用户撰写了一个教程稿件，期望对大伙有帮助~

- CJ

第一部分介绍如何通过timetree网站获得物种树

强大的物种进化树在线网站（http://www.timetree.org/），输入网址进入界面如下：

网站有三个功能模块供查询：Get Divergence Time（获取物种间的分化时间），Get an Evolutionary Timeline（获得进化时间表），Build a Timetree（构建一个物种进化树）。

1、其中获取物种间的分化时间示例如下：Hordeum vulgare，Oryza sativa

2、获得进化时间表示例文件：Oryza

3、物种树构建：Amborella_trichopoda, Brassica_napus, Arabidopsis_thaliana, Citrus_sinensis, Ananas_comosus, Oryza_sativa。

上传一个含有6个物种名字的list.txt文件（每个物种一行）

选择文件之后再点upload上传文件即可得到下图的物种树

从左下角可以下载nwk格式物种树（可以MEGA7打开）以及物种树的图片。

下载的nwk树文件导入MEGA7如下所示：

点下面红圈，去掉枝长信息，节点信息，导出树就是一个可以直接在tbtools或者Notung直接用的物种树文件。

物种树格式如下：

第二部分介绍如何通过Notung获得家族基因复制、转移、丢失事件

在 Notung 中导入基因树、物种树后，通过 Rooting Mode 将无根基因树转化为有根基因树。其实我们前面通过timetree网站获得物种树就是有根树，所以不需要这个步骤。

示例文件用的tbtools的gene gain and lost demo data示例文件，可以通过tbtools插件下载。

1、分别导入基因树、物种树文件

2、点击Notung 软件下方的 Reconciliation Mode 功能进行分析：

从 Notung 的底边栏可以看到 Notung 推断 该家族基因发生了59次基因复制事件，30 次基因丢失事件。结果如下：

3、具体结果分析如下可以得到具体每个分支和物种的基因复制及丢失事件

4、最后图如下，油菜相对于拟南芥扩张增加了27个成员