序列比对小坑-RNA水平的GU配对

前述部分

公众号后台和评论收到数则消息，有不少朋友想知道哪里可以下载到TBtools。

这里附上三个链接：

1. 直接在TBtools使用交流QQ群上下载，群号为：553679029；这个群主要是用于与使用TBtools的朋友们保持互动，交流，希望能更好的完善这一个工具（目前确实没有精力也没有想法发表TBtools），此处可下载到最新版本，更新极其频繁，只要有小bug修复或添加新工具，立马更新。

2. 在Omicshare论坛上下载，早前已论坛有主题帖，此处可下载到最新的稳定版，当添加的新工具确实比较稳定了，才进行更新，点击跳转Omicshare论坛。此处也恭喜Omicshare获得政府50wRMB经费支持

3. 在github上下载，此处不定期更新....因为手上课题较多，并没有时间更新。点击跳转github。

今日主题：RNA水平的GU比对小坑

现在更多的时间放在small RNA数据分析上，所以也就要做RNA层面的序列比对（RNA比对到RNA）。

早前，我一直认为，或者可能不少朋友与我一样，认为

RNA比对，虽然其中有U碱基，那么直接转换为T，使用bowtie、bwa等软件比对不就好了？其实不然，主要问题有两点：

1. 如果直接转换为T，那么GU(GT)直接识别为错配，这样就有可能直接终止比对（基于罚分

2. 一旦存在GU配对，做序列比对的时候，再进行库序列查询的时候，只能反向互补库序列，不能反向互补查询序列再进行比对，

   举一个例子

# 同样的查询序列# 同样的库序列# 这里不考虑种子区域....# 1. 反向互补 库序列 得到的结果UUUGGUUUCCUCCAAUAUCUCA|||xx|||||||||XX||X|||  0.5*2+1*3 = 4AAAUUAAAGGAGGUAUUAAAGU# 2. 反向互补 查询序列 得到的结果UGAGAUAUUGGAGGAAACCAAA|||x||XX|||||||||XX|||  0.5*1+1*4 = 4.5ACUUUAAUACCUCCUUUAAUUU# 出现了这么一种情况，反向互补查询序列之后，# 原来的 CA错配 被识别为 GU配对# 原来的 GU配对 被识别为 CA错配

结语

今早两位朋友好心提醒这几天提交评优材料...恩，原本我是不想填的，后来我还是看了下通知，也鼓捣了一番，最后发现....延期毕业学生并不能申请。只能呵呵。

课题紧张，就不多扯咯。今日到此，继续鼓捣课题去了。