TBtools - 已有插件列表

写在前面

最近我主要在忙两个事情：

1. 了结学校里相关的一些事情，也整理下手上的资料和文件

2. 看看是否有合适的工作

写了一段关于找工作的感悟，不过还是删了，哈哈。多数无益，回到主题。
整理资料时，突然想起，前前后后我鼓捣了十来个 TBtools 插件，似乎有必要整理一个插件列表。

一号插件 - Pubmed Summary

Pubmed Summary 的优势在于“辅助文献速度”。基于用户输入的关键词，爬取对应Pubmed检索结果，并附加影响因子，以及摘要等信息。用户可以快速阅读题目和摘要，了解文章详细，在大规模阅读后，筛选出合适的文章，再行精读。具体可见推文链接
Pubmed Summary 文献泛读至简辅助工具

二号插件 Batch SMART

SMART 应是最为全面可靠的序列结构域分析网站。对于单个序列，可以快速完成分析。但对于多个序列，该数据库只支持数据库中已收录的序列信息。在绝大多数情况下，用户需要编写爬虫脚本，逐个提交，预测并获得结果。
Batch SMART 解决这个需求缺口，任何用户只需要在 TBtools 中提交序列，软件会自动提交获取，并整理结合以及可视化
Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件

三号插件 - Batch Motifs Viz

这个插件比较有趣。能做的事情只有一件，那么就是基于MEME输出的XML文件，一次可视化所有 Motifs 的 SeqLogo。这款插件并未完全对外开放，是 TBtools 的第一个众筹插件。具体见
SeqLogo | 一键可视化 MEME Motifs 组图

四号插件 - SRAtoFastq

SRAtoFastq，正如其名，只有一个作用，即 将 sra 格式文件转换为 fastq 格式。存在大量公开测序数据仅有 sra 格式文件可供下载。用户使用这一插件，即可完成格式转换。作为 TBtools RNAseq 系列插件的第一个，感兴趣的人还是有不少的。当然，RNAseq 系列插件只针对 Windows 和 MacOS 用户开放。这一系列插件，均为众筹插件，暂时未有对外开放的打算。感兴趣的见推文
SRAtoFastq | 任何人都能自主分析测序原始数据

五号插件 - Fastq2Fasta

Fastq2Fasta，看名字就知道他只能做一个事情，将 Fastq 格式的序列文件，转换为 Fasta 格式的序列文件。这个插件比较有趣。来自于半小时直播时，有用户提起多次。作为回应，我顺手写了，同时完全对外释放。具体可见
FastqtoFasta | 随手写个小插件，送给积极的用户朋友

六号插件 - FastQC

FastQC 是一款被广泛使用的测序数据质量查看软件，软件本身知道界面版。但我还是选择将其打包成这个插件。主要原因是....方便。当然，另外还有其他一些尽量完善以避免出问题的情况。有时候一些软件虽然是Java软件，但不一定是有完善的跨平台实现。这一插件属于众筹插件。
具体可见
插件FastQC | 点点点，人人看看测序数据质量

七号插件 - Trimmomatics

质量控制是高通量测序数据分析不可缺少的部分。质控软件有很多，我自己也实现了一些，包括RNAseq和small RNAseq的。权衡之下，我没有选择二进制文件，而选择打包 Trimmomatics，主要原因在于....都是 Java 实现，套起来方便。当然，与FastQC插件类似，我也做了一些优化，使之能够更好的跨平台。RNAseq系列插件之一，所以仍然是众筹插件。
具体见
Trimmomatic | 点点点，测序原始数据质控，技能√get

八号插件 - Ascp GUI Wrapper

提起这个插件，还是有趣。原本我是打算写转录本定量插件的，然而突然发现找不到测序数据。原本是想着FTP下载的，无奈速度似乎不太行。这种情况下，Aspera是完美解决办法。然而，最麻烦的还是在于软件安装与环境配置。想来想去，现在不干，以后又要折腾。干脆写一个。
于是，这是一个完全开放的插件，用户只需要安装插件，即可高效且快速下载测序数据。
具体见
插件 | 人人-点点点-光速下载 NCBI/ENA NGS原始数据

九号插件 - Newick Rename

常常有这种情况，用户会拿着一堆序列，构建一个进化树。花了时间，拿到了树文本，使用的时候才发现序列的 ID 不是自己想要的样式。于是最好的方法是...进行重命名。同样，这个需求来自半小时直播。我顺手就实现了，又是一众筹插件
Solved！进化树批量重命名，技能 √get

十号插件 - The BEST Gift

啊，这是 TBtools 第一个游戏插件，在具有情人节属性的节日里，送给单身朋友最好的礼物，完全开放，随时可用
具体见
插件 | 七夕福利！TBtools 用户最好的礼物

十一号插件 - Kallisto GUI Wrapper

这个插件是 TBtools RNAseq 系列插件的终结插件。打包了 kallisto，用户可以高效地，批量地，基于 Fastq 测序数据，获取 基因表达矩阵 和 读段计数矩阵。最大的优势或许是，自动整合结果 - 总的来说，不能太方便！！！
Kallisto | 点点点，从 测序数据 到 基因表达量矩阵 人人都可以！

写在最后

Emmmm，我自认为每一个插件都融合了我个人的思考。事实上解决了一些问题。尤其是 RNAseq 系列插件，目前主要是众筹朋友的使用阶段（不到30人）。我自己在笔记本上两天，分析了100+个转录组测序样品，感觉很爽。
....
推文写完了，突然还是回到现实，总的来说，我觉得最好找工作状态应该是：

1. 至少一年以上海外经历，最好有海外学历

2. 博后经历，基本相当于讲师经历

综合结果，或许难道可能即使是目前这样的环境，那么出国也是必要项？有趣。

整体上，取得联系的估计有近20个老师，每一个老师都给了我一些不错的建议，也聊了科研设想和看法。其中王老师提到的一点，我觉得值得写出来，大体是：如果你要走科研，那么最好起点要高。

另外，鲍老师提及的要考虑单位是否有良好的晋升通道，事实上这个我之前也没有考虑，果然还是年轻。

最后，还有肖老师的实在 和 徐老师的认可

我想，且不提找工作的结果，但就这个过程，已是受益良多！

PS：可能我跟不少博士找工作的状态不同的是，我并不担心没有工作，因为我只要坐在电脑面前，就是在工作。