教程 | 可视化 多组 基因差异表达分析 结果

写在前面

最近做了一些转录组数据分析。想想，上一次这么精细地分析转录组数据，都是三五年前的事情。整个实验设计是一个器官的不同发育阶段。按照最传统的做法，不同阶段，两两间进行差异表达分析，于是会产生系列比较组合。后续的分析，无非是集合分析，或针对一些感兴趣的通路或基因进行分析。
有一个图，我觉得还不错，可以快速判断哪些或者具体那个阶段的变化最大。此处先放图

图稿解读

从图稿中，我们可以看出相比于 Stage 1，随着器官发育，表达谱的差异也越来明显。综合全部，可以发现，最后一个阶段与其他阶段的差异最大。所以最后两个阶段的对比，或许最值得关注。

DEGs Dist Plot

之前，我可能会使用 R 的 ggplot2 来绘制。但想来想去还是麻烦，于是用 JIGplot 简单画了一下（还可以支持交互）。尽管我设置了不少参数，但也暂时没有时间开发参数调整。先放出来给大家玩玩。

随后需要准备数据，格式如下：

简单来说，一共三列，以制表符分隔（Tab）：

• 第一列，比较组合

• 第二列，上调基因数据

• 第三列，下调基因数据

准备好文本文件，或者直接黏贴文本置入即可（界面打开即可看到 Demo 数据，可以试用）。

输出结果如下

关于颜色的调整，暂时就用 JIGplot 的交互式操作吧，还是比较简单。当然，也可以直接保存成 PDF 或者 SVG，直接使用 AI 或者 CDR 调整。

写在最后

Emmm，设置了不少参数，不过暂时没时间开放。或许先看看用的朋友多少再说。如果你用了，最好还是留言一下....