增值税专用发票抵扣联网上认证方式（以下简称为网上认证）是指由企业自行扫描或人工录入抵扣联票面信息，生成电子数据，通过网络报送税务机关，由税务机关完成认证的一种增值税专用发票抵扣联认证方式。网上认证适用于增值税一般纳税人（以下简称为纳税人）。
纳税人采用网上认证方式需外购专门的软件。我局在国家税务总局测评合格的范围内招标评审通过了深圳西安交大龙山软件有限公司和深圳市中税华通科技有限公司两家软件开发商的软件。深圳市范围内使用的网上认证方式软件和服务由这两家软件开发商提供，纳税人可自由选择其中一家公司的软件和服务。
◆申请办法
纳税人申请使用网上认证方式，首先应与所选择的技术服务单位签订技术服务合同，并在签订技术服务合同的当月持下列资料到国税主管区（分）局办理备案手续：
1、税务登记证副本（原件及复印件）；
2、技术服务合同；
3、《申请增值税专用发票抵扣联信息网上认证方式备案表》
纳税人在办理完备案手续后，即可使用网上认证方式。
◆操作说明
1、管理员登录：启动网上认证系统，以系统管理员的身份登录本系统。
2、参数设置：选择连接到计算机的扫描仪型号，查看网络参数。
3、新建企业：连接网络，通过企业的纳税识别号新建企业。
4、设定操作员：新增进行日常业务处理的操作员。
5、操作员登录：以一般操作员的身份登录本系统。
6、发票录入：扫描或手工录入发票。
7、认证发送：确保发票录入正确后，使用“认证发送”功能发送待认证发票。
8、认证反馈：单击工具栏中的“认证反馈”按钮获取认证结果。
9、选择“帮助－系统帮助”获取更详细的系统帮助。
具体内容详见《深圳交大龙山网上认证系统用户手册》、《深圳中税华通网上认证系统用户手册》。
◆注意事项
1、网上认证的推行以纳税人自愿为原则，由纳税人自行选择，即纳税人可以选用网上认证的方式，也可以沿用原直接到税务机关前台来认证的方式。
2、网上认证的推行采用市场规则，软件须使用经我局招标评审通过的两家软件开发公司的网上认证软件，纳税人可自由选择使用其中一家公司的软件。
3、网上认证方式的操作管理规范按《深圳市增值税专用发票抵扣联信息企业采集方式管理办法（试行）》执行。
4、使用网上认证方式的纳税人，每月将取得的防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联通过网上认证方式软件生成电子数据，在每月的最后一个有效工作日以前传送或报送至税务机关，税务机关对纳税人传送或报送的电子数据进行解密、认证。
因网上认证方式软件或硬件设施损坏等原因，纳税人在当月最后一个有效工作日无法完成电子数据传送或报送的，纳税人也可持专用发票（抵扣联）原件到主管区（分）局认证。
5、采用网上认证方式的纳税人必须按规定认证、申报抵扣，不得重复认证。
未经认证及认证不通过的专用发票，不得申报抵扣；当月认证通过的专用发票在当期申报抵扣。
采用网上认证方式的纳税人,必须自专用发票开具之日起90日内将专用发票（抵扣联）电子数据报送税务机关认证，逾期不予认证、不得抵扣进项税额。
6、纳税人通过网上认证方式软件接收税务机关认证结果数据，自行打印《认证结果清单》，作为纳税申报资料；同时将当月认证通过并符合抵扣规定的专用发票（抵扣联）作为当期抵扣凭证，按增值税纳税申报的规定进行纳税申报；并将专用发票（抵扣联）原件按照《认证结果清单》顺序每二十五份装订成册备查。
7、对第一次认证未通过的专用发票（抵扣联），纳税人根据票面信息核对修改后重新报送。
经修改后重新报送的抵扣联电子数据仍然认证未通过的，纳税人必须于二个工作日内携带专用发票（抵扣联）原件到主管区（分）局征收大厅进行现场认证。
8、纳税人丢失未认证的专用发票抵扣联，不得使用网上认证方式认证，必须按《国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》（国税发【2002】10号）文件规定办理。
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