人类与动物最大的差别来自于人类善于利用工具。从利用石头开始、火、铁器、蒸汽、计算机每一次工具的升级都能带来更多的无限可能。应用到各行各业都是相通的，好的工具带来的更好的效果，正所谓'工欲善其事，必先利其器’。
而对于药物化合物数据库的应用也是如此，需要有一个全面的药物化合物库才能更高效全面的了解药物化合物信息。常用的药物化合物库有pharnexcloud 、pubchem、chemspider、DrugBank、Toxnet等。
这些药物化合物库都各有自己的数据特色，下面逐一讲解，对号选用。
① Pharnexcloud（药融云）
Pharnexcloud（药融云）可以通过CAS号、药物化合物名称、InChI、InChIKey、MDL、EINECS、Beilstein、化学结构式检索查询药物化合物的专利、原料药、供应商、药品(制剂)、适应症、试验、企业、治疗领域、研发、谱图等信息，还可以通过药物化合物所制药品的全管线信息。该数据化合物信息（约1亿）、化学反应（约2000万），并通过文献分类标题可以查看相关文献（3000万+）。
Pharnexcloud药融云生物医药大数据一站式检索数据库,是集全球生物医药全产业链数据为一体的大数据平台,数据覆盖了九大数据库群包含了医药研发、生产检验、市场销售、合理用药等生物医药全生命周期数据。
② Pubchem
PubChem 检索可得到的结果包含了分子式、 SMILES 、 2D 和 3D 结构、 InChl 和 InChIKey 、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质，除此以外，还有该化合物作为药物的剂型信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息， Pubchem 数据库于 2004 年正式对方开放使用，数据信息被划分成三个相互关联的数据库，即 PubChem Substance 、Pubchem Compound 和 PubChem BioAssay ，这三个数据库都隶属于 NCBI 的 Entrez 信息检索库。
③ Chemspider
ChemSpider隶属于英国化学会的汇总数据库，包含了来自不同资源提供的五千五百多个化合物信息。现在，该数据库含有的信息包括海洋天然产物数据、ACD实验室化学数据库、EPA的DSSTox数据库以及化学物质信息。数据库提供以下查询方式：标准查询方式包括系统名称、商业名称和同义词、登记号查询；高级查询方式提供互动式搜索，通过化合物结构、化合物子结构，分子式以及分子量、CAS编号搜索。
④ DrugBank
该数据库是一个生物信息学和化学信息资源相结合的药物和药物靶标数据库。该数据库包括8206个药物条目，包括1991个FDA批准的小分子药物，207个FDA批准的生物技术（蛋白/肽）的药物，93个营养品和6000的实验药物。另外，4333个非冗余蛋白质（即药物靶标/酶/转运体/）序列被链接到这些药物条目上。
药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D结构、logP， logS， pKa、熔点、吸收性、Caco—2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、合成等，与ChEBI， GenBank， PubChem等外部数据库有链接。
⑤ Toxnet
Toxnet是美国国家医学图书馆（nlm）的化合物毒性相关数据库，包括药品毒理学、危险化学品和其它相关领域的信息，数据库进行检索：
HSDB（危险化合物数据库）：内含4500种毒性（或可能具有毒性的）化学药品，以及其毒性、对环境的影响、化学安全性、废弃物处置等相关领域的信息。
TOXLINE®：包括药物和其它化学物质的生物化学、药理学、生理学、毒理学的文献数据库。其中有300万条引文、摘要和检索条、以及CA登录号。
ChemIDplus：对NLM数据库中的化学物质提供结构式和专业信息。
如果说你在对某个药物化合物信息查询研究时，相信以上几个药物化合物库能给你带来最全面的信息。
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