阈值可以直观地理解为门槛，比如在图像中，我们设定门槛，将低于某个强度（阈值）的像素在视觉上弱化（比如让它们变成背景），而只突出我们关心的一些元素。
使用该工具自动或交互地对图片的阈值下限和上限进行设置，由此可以将图片划分为感兴趣的部分以及不感兴趣的背景。在Analyze▷Set Measurements…中的Limitto Threshold选项选中的情况下，使用命令Analyze▷Measure…[m]可以测量所选特性的集合。而使用Analyze▷Analyze Particles…可以对单个特征进行测量。用Wand Tool工具可以描绘出单个特征的轮廓。
| 选项 | 描述 |
|---|---|
| Upper slider | 调节最小阈值。在调整的同时按住Shift键可以移动一个固定宽度的阈值窗口来框定灰度值范围。 |
| Lower slider | 调节最大阈值。 |
| Method | 有16中自动阈值调节方法可供选择。这些方法描述在Fiji的Auto Threshold 网站上。其中的Default方法是ImageJ1.41及之前版本所采用的IsoData算法。注意这些方法不能应用于亮度不均匀的图片（比如显微明场像图片）。在这些（不均匀）的情况下，局部算法更为恰当——使阈值在整个图片中均匀地变化。这可以通过Auto Local Threshold插件实现，该插件预装在Fiji中。 |
| Display | 在三种显示模式中选择一个。 1.Red 显示阈值为红色 2.B&W 将特征显示为黑色而背景显示为白色。该模式遵循Process▷Binary▷Options…中的Black background设置。 3.Over/Under 将像素值低于阈值下限的像素显示为蓝色，阈值范围内的像素显示为灰度级，而高于阈值的像素显示为绿色。这些颜色可以通过宏调用ImageProcessor.setOverColor() 和 SetUnderColor() 方法来修改。 |
| Dark background | 当特征的亮度比背景亮时选择该选项。该状态会一致保留，重启也不影响。 |
| Stack histogram | 如果选项选中，ImageJ会首先计算整个堆栈（或超栈）的直方图，然后根据直方图来计算阈值。同样地，所有的切片都利用单个计算值进行二进制化。如果选项未选中，每个切片的阈值会单独计算。 |
| Auto | 使用当前选中的阈值方法在对直方图进行分析的基础上来自动地对当前图片或选区进行阈值水平设置。 |
| Apply | 将阈值范围内的像素都设置为黑色，而剩余的设置为白色。对于32-bit浮点数图片来说，Apply也将会运行Process▷Math▷NaN Background。 |
| Reset | 使阈值方法无效并更新直方图 |
| Set | 手动输入新的阈值水平到该对话框中。 |
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