秋季是较多商品鱼销售的季节，容易造成细菌交叉感染,亦是水温开始降低的季节。而春天经过寒冷的冬天及停食,鱼的体质有所下降或被冻伤,当水温开始回升菌虫活跃。因此开春和初秋是锦鲤养殖的一个鬼门关。首先在养殖水方面必须保证有良好的水质，由于秋季是锦鲤生长的旺季，大量喂食，排泌物相对增多，非常容易造成水质的变坏（悬浮粒子增加，水体混浊，氨氮、亚硝酸盐增加）。因此要求多排底水，勤于换水。购买新鱼时尽可能购进健康的鱼。同时做好转水同温的工作。
1年内曾经进鱼的，有必要在开春和初秋做一次全池杀虫杀菌预防工作。近来购进或准备购进的新鱼必须做好检疫工作，有条件的隔离暂养20-30日，并同时进行常规的杀虫杀菌。
杀虫杀菌方法：用水产养殖、观赏鱼类的专用杀虫剂杀虫（例如阿维菌素、溴氰菊脂、敌百虫、水产专用杀虫剂等，其具体用量与操作细看说明），24小时后换水1/5，然后使用杀菌剂杀菌（ 例如二氧化氯、强氯精、溴氯海因、高聚碘、络合碘、黄粉、缸养杀菌剂等，其具体用量与操作细看说明，并要求准确计量及购买知名厂商的药品），氯制剂24小时后再放一次，碘制剂48小时后再放一次。两次杀菌之间换水1/5。最后在距离第一次杀虫7天再杀虫一次,必要时过二至三天后使用指环净(甲苯咪唑)杀指环虫（多数引致烂鳃的罪魁祸首），一次或两次（48小时后才换水）。新进鱼没办法隔离只能放大池检疫，其杀虫杀菌步骤及方法基本相同，水温18度以上可进行一系列操作。要求整个操作过程必须保证养殖水有足够的含氧量。
方法与步骤：
杀虫24h换水1/5杀菌24h或48h换水1/5杀菌距离第一次杀虫七天杀虫
若发现有原虫感染的，先用原虫净（硫酸锌）、孔雀石绿或甲基蓝等杀原虫，24小时后才进行上述的一系列操作(进了新鱼的有必要这杀原虫操作，特别是水温低时)。
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