最近，派森诺与中国农业科学院饲料研究所合作，相继在《Journal of Animal Science and Biotechnology》（影响因子：5.032）和《Frontiers in Nutrition》（影响因子：6.576）发表论文，分别报道了饲粮中添加牛至精油对肠道微生物群落的调控和产蛋后期蛋鸡肠道功能的改善，以及胚期给养精氨酸促进鸡胚肠道发育的新途径。
值得一提的是，上述研究均使用了QIIME2基因云进行微生物群落测序数据分析。QIIME 2已公认为微生物组领域的分析标准（相关介绍），#派森诺基因云 则能实现基于QIIME 2内核的全流程、可交互、个性化、可视化分析，为研究成果提供专业、美观、灵活的数据挖掘解决方案！
案例1
期刊：《Journal of Animal Science and Biotechnology》
影响因子：5.032
牛至精油通过肠道菌群调控改善产蛋后期蛋鸡肠道功能
1、研究背景
产蛋后期蛋鸡生产性能和蛋品质的下降给家禽养殖业和蛋品加工业带来巨大损失，是产蛋鸡延养计划（700天产500枚蛋）的卡脖子问题。
蛋鸡产蛋期高强度生产（前期都在高峰期，产蛋率90%以上），机体新陈代谢强度大，引起肠道功能受损、免疫反应失衡、肠道菌群紊乱，是产蛋后期生产性能和蛋品质降低的主要原因。我国自2020年7月1日开始全面停用饲用抗生素，天然活性物质（如植物精油）的应用受到广泛关注。精油可改善肉鸡肠道健康状况，但目前尚不清楚精油是否可通过改善产蛋后期蛋鸡肠道健康状况，进而改善产蛋后期蛋鸡的生产性能和鸡蛋品质。本研究旨在探究饲粮中添加牛至精油对后期产蛋鸡生产性能、蛋品质、肠道形态、微生物组成、免疫和紧密连接蛋白相关基因表达情况的影响。
2、研究方法
选取288只60周龄的健康海兰褐产蛋鸡，随机分为4组，基础饲粮分别0、100、200和400 mg/kg牛至精油。每组8个重复，每重复9只试鸡，自由采食和饮水，记录产蛋数、蛋重和采食量，计算生产性能。试验期12周。每4周测定鸡蛋品质，试验期末每重复杀鸡1只，采样，测定有关指标。
测序区域：16S rRNA基因V3V4区测序
测序方法：MiSeq PE300测序
分析方法：QIIME 2基因云
3、研究结果
研究表明，饲粮中添加精油提高了9～12周和整个试验期产蛋鸡饲料效率、显著提高蛋壳厚度；显著提高回肠内容物糜蛋白酶和脂肪酶活性，提升绒毛高度/隐窝深度比值；随精油剂量增加，蛋鸡回肠黏膜中IL-1β、TNF-α、IFN-γ和TLR-4的表达量呈二次降低，紧密连接蛋白ZO-1表达量呈线性和二次增加。选取对照组和适宜最佳效果组（200 mg/kg）肠道微生物进一步分析表明，精油显著提高了回肠中Burkholderiales、Actinobacteria、Bifidobacteriales、Enterococcaceae和Bacillaceae的丰度，降低Shigella丰度。
Alpha和Beta多样性分析
物种组成谱分析
组间差异物种LEfSe分析
与肠道功能指标的关联分析
由此可知，饲粮中添加牛至精油可增强肠道消化酶活性，改善肠道形态及屏障功能，调节肠道免疫状态和微生物组成，进而改善产蛋后期蛋鸡饲料转化率和蛋壳质量。
案例2
期刊：《Frontiers in Nutrition》
影响因子：6.576
胚期给养精氨酸促进鸡胚肠道发育的新途径
1、研究背景
肠道菌群的定植在肠道的早期发育过程中发挥了重要作用，微生物的快速定植是肠道免疫程序化、免疫系统发育成熟的重要驱动因素。目前已知家禽胚胎发育时期，肠道已经存在微生物定植。然而，胚胎期的营养补给对于微生物群落形成和演替的影响还不够明确。因此，本研究以鸡胚为模型，通过胚胎给养（in ovo feeding，IOF）L-精氨酸（Arg），对胚胎期肠道的发育和微生物群落的演替进行了解析。
2、研究方法
216个鸡胚随机分为两组：对照组和L-精氨酸注射组（每个鸡胚7 mg）。
测序区域：16S rRNA基因V3V4区测序
测序方法：MiSeq PE250测序
分析方法：QIIME 2基因云
3、研究结果
本研究采用胚胎给养技术，将营养干预时间点提前到胚胎发育期间，发现L-精氨酸增加了空肠的重量、绒毛宽度和表面积，同时提升了血糖和高密度脂蛋白胆固醇，并降低了低密度脂蛋白胆固醇，从而通过调节糖稳态和脂稳态为鸡胚提供更多能量。
同时，L-精氨酸塑造了胚胎期肠道微生物组的演替模式，并在胚胎发育过程中改变了菌群组成，富集了Roseburia、Blautia和Ruminococcus等短链脂肪酸产生菌。因此，给养L-精氨酸调控了微生物间的互作关系，加快微生物区系成熟。微生物代谢产生的甲酸、乳酸、丁酸等短链脂肪酸，可通过调控胚胎能量代谢，促进鸡胚肠道发育。
对照组的肠道菌群特征
L-精氨酸给养组的肠道菌群特征
差异物种LEfSe分析和短链脂肪酸差异分析
对照组和L-精氨酸给养组的微生物互作关联网络
鸡胚微生物与血清、肠道指标的关联分析
本研究阐明了胚胎期微生物的定植与鸡胚肠道发育的互作机制，对认识出壳后雏鸡肠道发育不良有重要意义，并为超早期营养调控家禽的肠道发育提供新的思路和科学依据。
以上研究的测序和部分数据分析工作由上海派森诺生物科技有限公司完成。
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