世和学术 | 胆汁cfDNA作为一种液体活检新媒介可提高胆道癌基因变异检出率

导读

胆道癌（Biliary Tract Cancer，BTC）主要包括胆管癌和胆囊癌。由于胆道癌早期缺乏典型临床表现，大多数患者初诊时已经处于晚期，预后极差。目前，临床上主要依靠影像学和血清标志物进行诊断，部分患者也可尝试进行组织活检或细胞刷检，但敏感性和特异性并不高，且部分患者可能会出现严重并发症。近年来，随着液体活检技术的快速发展，通过各种类型的体液标本对患者的分子特征进行分析成为可能。对于胆道癌而言，胆汁因为与肿瘤组织直接接触，是一种极具潜力的液体活检媒介。

宁波市医疗中心李惠利医院肝胆胰外科陆才德教授和黄静教授团队与世和基因合作，运用世和一号^®大Panel，通过对比分析13例胆道癌患者胆汁上清、胆汁沉淀、血浆及肿瘤组织4种样本类型的基因图谱，明确了运用胆汁样本进行基因检测的有效性、准确性以及临床应用可能性。该研究成果发表于Frontiers in Oncology（IF=5.738）杂志。

正文

本研究回顾性纳入13例II-IV期胆道癌患者，其中胆囊癌7例，胆管癌6例。所有患者均具有胆汁上清、胆汁沉淀及血浆样本，其中11例患者具有匹配的肿瘤组织。样本均采用世和一号^®大Panel进行基因检测。该研究从多个角度证明了胆汁上清及胆汁沉淀作为一种有效的检测媒介，变异检测性能优于血浆，与组织结果具有高度一致性。

1、胆汁上清/沉淀的变异检出能力优于血浆

在11例具有匹配肿瘤组织的患者中，胆汁上清cfDNA浓度显著高于血浆cfDNA（中位1918 vs. 63.1 ng/ml，图1A）。其次，胆汁上清中平均基因突变丰度与胆汁沉淀样本相似，显著高于血浆样本（3.84% vs. 4.22% vs. 0.16%，图1B）。以上研究结果提示，胆汁上清/沉淀能够获得更多的肿瘤特异性DNA，这为胆汁上清/沉淀能够检出更多且丰度更高的变异提供了基础。

图1. 胆汁上清/沉淀的变异检出能力优于血浆

2、胆汁上清/沉淀变异图谱特征与组织具有高度一致性

胆汁上清/沉淀与匹配肿瘤组织样本中的基因变异检出类型较为一致，与血浆样本存在显著性差异（图2A-B）。其次，胆汁上清与组织中的高频变异检出一致性达到90%，与胆汁沉淀相似（85%），明显优于血浆（35%）（图3A）。并且，组织中高频基因突变的丰度与匹配的胆汁上清/沉淀检测到的突变丰度具有正相关性（ρ < 0.0001, Spearman r = 0.777; ρ < 0.0001，r = 0.787）。以上研究结果提示，胆汁上清/沉淀检出的变异特征与组织具有高度一致性，可作为胆道癌检测的有力补充。

图2. 胆汁上清/沉淀与匹配肿瘤组织样本基因变异检出一致性高

图3. 胆汁上清/沉淀与匹配肿瘤组织样本中的高频变异检出一致性高

3、胆汁上清/沉淀可提高基因变异检出率，指导靶向用药和评估预后

相较于组织，胆汁上清和沉淀中分别检出了48和32个独有变异，与组织互为补充，可提高患者的变异检出数量（图4）。尤其，胆汁上清/沉淀中检测到ERBB2、FGFR2、FGFR3、KRAS等胆道癌潜在可用药基因变异，提示胆汁上清/沉淀可指导患者靶向治疗（图5）。此外，与匹配的肿瘤组织相比，2例患者的胆汁上清/沉淀中检测到额外4个拷贝数变异(CNV)（即TERC、IL7R、RICTOR和TERT扩增）（图6A）。肿瘤组织样本的染色体不稳定性（CIN）显著高于血浆样本，而与胆汁上清样本无显著性差异（图6B），提示胆汁上清/沉淀比血浆更适合用于CNV和CIN检测。以上研究结果提示，相比于血浆，胆汁上清/沉淀在胆道癌中是一种更具临床应用价值的液体活检媒介。

图4. 胆汁上清/沉淀具有更高的肿瘤特有变异检出率

图5. 胆汁上清/沉淀可检测胆道癌可用药靶点

图6. 胆汁上清/沉淀CNV和CIN检测能力更优

结论

该研究发现胆汁上清/沉淀的基因变异检测结果与组织高度一致，能很好地克服肿瘤异质性，且检测能力优于血浆，可用于临床诊断、指导靶向治疗和评估预后等。因此，对于无法获得组织样本的胆道癌患者而言，通过世和一号^®大Panel对其胆汁样本进行检测，可以提供具有临床指导意义的肿瘤基因组变异信息，为临床诊断、治疗和患者管理发挥更多潜在的临床应用价值。

参考文献

Li Z, Liu Y, Fu J, Mugaanyi J, Yan J,Lu C and Huang J (2022) Bile is areliable and valuable source to studycfDNA in biliary tract cancers. Front. Oncol. 12:961939. doi: 10.3389/fonc.2022.961939

作者：D.    审核：观音头   排版：Moro