5分+ 不到两个月接收 单基因生信+实验可以这样做
大家好,今天要和大家分享的是2021年3月份发表的一篇文章:“LRH1Acts as an Oncogenic Driver in Human Osteosarcoma and Pan-Cancer”;
研究背景:骨肉瘤(OS)主要发生在儿童和青少年,是一种毁灭性疾病,因易远处转移而预后较差。最近研究表明,肝受体同源物1(LRH-1)在几种人类癌症的转移中起着至关重要的作用,但在骨肉瘤转移中的作用尚不清楚,因此作者主要探索了LRH-1在骨肉瘤中发挥着何种作用。
本研究干湿结合,基于骨肉瘤细胞株的高通量测序,表明LRH-1在细胞迁移、侵袭,血管生成中起关键作用,作者遂开展体外功能实验验证之;此外,作者还对该基因进行相关生物信息学分析。
分析流程:
结果部分:
1.临床样本探究LRH1在骨肉瘤中的表达及其与骨肉瘤临床病理特征之间的关系;
2.体外实验:细胞水平敲低LRH1进行转录组测序,对差异基因进行功能注释,主要富集于细胞迁移、侵袭,血管生成相关通路,并开展体外功能实验验证之;
3.基于测序数据,探究敲低LRH1对EMT和TGFβ信号通路的影响,WB验证相关蛋白改变;
4.对LRH1进行泛癌分析,包括生存预后、共表达基因、蛋白互作网络及启动子甲基化分析;
综上:患者标本免疫组织化学显示,LRH-1蛋白在OS肿瘤组织中的表达明显高于正常骨组织;敲低LRH-1抑制了人源OS细胞的迁移,相关上皮间质化(EMT)指标下调,并且可使转化生长因子β(TGF-β)信号通路失活;敲低LRH-1可抑制人脐静脉内皮细胞(HUVEC)增殖,迁移和血管生成。此外,作者根据利用TCGA数据库,对LRH-1进行泛癌种分析:LRH-1高表达与部分癌种的不良生存预后及EMT通路相关。上述结果表明,LRH-1在人类OS中起肿瘤促进作用,可预测转移潜力,并可作为癌症治疗的潜在靶标。
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