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研究背景
流程图
泛癌乏氧特征分析
①对来自TCGA和CPC-GENE数据集的19种肿瘤类型的8006例肿瘤进行基于mRNA的乏氧定量分析。
②确定具有乏氧肿瘤特征的体细胞基因组变化。
结果：
下图a：头颈部鳞状细胞瘤(HNSC)、宫颈鳞状细胞瘤(CESC)和肺部鳞状细胞瘤(LUSC)的乏氧程度最高，而甲状腺腺癌(THCA)和前列腺癌(PRAD)的乏氧程度最低。
下图b：乏氧状态与血统及种族有关：高加索血统患者的肿瘤比亚洲或非洲血统患者的肿瘤乏氧数量少。
下图c：在10种肿瘤类型中，乏氧与显著升高的基因组不稳定性相关；
下图d：体细胞拷贝数变异(CNAs)和体细胞单核苷酸变异(SNVs)与肿瘤乏氧有关。
下图e：在肺腺癌中观察到TP53 SNVs和乏氧之间存在强烈关联。
下图f：乏氧与CDKN2A缺失和MYC扩增相关。
乏氧驱动基因与miRNA
下图a：作者集中研究了253个被体细胞SNVs47反复改变的癌症驱动基因，并确定了15个与乏氧相关的基因。
下图b：对112个被CNAs48改变的癌症驱动基因的分析发现，在多种癌症类型中，多个致癌基因和肿瘤抑制基因与乏氧相关。
下图c：肿瘤乏氧还与microRNA丰度相关。
前列腺癌乏氧相关miRNAs的评估和验证
下图a：在TCGA数据集中，miR-133a-3p是最强的乏氧相关miRNA。
下图b-c：在CPC-GENE队列和独立队列中，miR-133a-3p的丰度与乏氧显著相关。
下图d：miR-133a-3p与几种蛋白的丰度相关，包括BIN1和PGM5。
下图e：体外实验验证了miR-133a的乏氧相关特性。
下图f：引入miR-133a-3p导致3个细胞系的细胞活力显著降低。
下图g：引入miR-133a-3p可显著降低PC3细胞的侵袭能力。
前列腺癌的乏氧状况
下图a：较高的乏氧评分与前列腺癌肿瘤进展程度显著相关。
下图b：PTEN的等位基因缺失与显著升高的肿瘤乏氧相关。
下图c：在一个独立的队列中，PTEN mRNA丰度与乏氧评分呈负相关。
下图d：PTEN缺失的肿瘤的基因组不稳定性更高。
下图e：与其他受试者相比，乏氧和PTEN缺失的受试者2年预后明显较差。
下图f：带有IDC-CA的肿瘤具有更高的基因组不稳定性。
下图g：与其他受试者相比，乏氧和显示IDC-CA的受试者2年预后明显较差。
乏氧、HIF1A和PTEN的相互作用
下图a：乏氧评分与HIF1A在CPC-GENE和TCGA数据集中的mRNA丰度的相关性。
下图b：HIF1A与PTEN mRNA丰度的相关性与PTEN mRNA呈负相关。
下图c：在CPC-GENE中，PTEN mRNA丰度与HIF1A和TERT mRNA丰度呈负相关。
下图d：CPC-GENE中PTEN mRNA丰度水平因乏氧状态和TERT mRNA丰度的不同而不同。
下图e：端粒长度、乏氧评分与TERT、PTEN mRNA丰度的关系(线性模型)。
乏氧的亚克隆突变
下图a：乏氧与指标性病变中检测到的癌细胞数量无关。
下图b：在乏氧相关的CNAs中，99%优先发生在肿瘤进化的早期。
下图c：乏氧多克隆肿瘤的PTEN mRNA丰度低于常氧多克隆肿瘤。
下图d：乏氧多克隆肿瘤富含PTEN等位基因缺失。
下图e：乏氧多克隆肿瘤富集于IDC-CA中。
下图f：在多克隆肿瘤中，IDC-CA状态和乏氧与PTEN mRNA丰度相关。
下图g：PTEN和IDC-CA等位基因缺失常同时发生。
下图h-i：乏氧多克隆肿瘤伴IDC-CA和PTEN缺失的患者预后较差，而常氧肿瘤伴中性PTEN和无IDC-CA的患者预后较好。
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