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研究背景:
研究结果:
一、基于CAF标志物的区分在TNBC队列中发现了三个具有不同CAF浸润的群组
1、首先使用单细胞测序数据集检测经典的CAF标记物(ACTA2、FAP、PDGFRA、PDGFRB、PDPN、THY1和COL1A1)表达水平(图S1),并对来自GSE25066-TNBC、GSE21653和GSE103091队列进行分析。TCGA-TNBC、METABRIC-TNBC和GSE25066-TNBC的聚类结果如图1a、S2a和S2c所示,将患者分为不同的CAF浸润组,即低、中、高浸润组。
S1:
图1a:
S2a、c:
2、采用PCA图来验证上述队列的聚类有效性。
图1b:
图S2b:
图S2d:
3、进一步检查是否聚类结果反映了在TME中CAF的相对丰富。通过比较之前的研究中CAF的表达分数,证明低、中和高CAF浸润组的代表队列中的MCP-counter和xCell分数呈上升趋势(图2a,,2d,2g)。
4、此外,还比较了iCAF和myCAF标记物的表达情况。结果显示,高、中浸润组中大量CAF标记物表达上调(图2b、2e、2h)。
5、本研究中所有TNBC队列的CAF浸润簇见图S3a。CAF浸润组之间的总生存率没有显著性差异(图S3b-f)。
二 CAFs浸润与免疫特征的相关性
2、其次,比较了癌症中标志性信号通路的GSVA评分,高渗透组和低渗透组如图3a-c所示。结果表明:部分免疫相关信号通路在高浸润组中显著富集,如TGF-β、IL2-STAT5、TNF-α、NF-κB等信号通路。
2、由于CAFs是TGF-β的主要来源之一,基于以上结果和既往研究结果,CAFs可能通过影响肿瘤和免疫细胞来发挥其功能。我们评估了先前报道的CAF评分与CIBERSORTx免疫细胞之间的相关性(图3d-f)。结果表明,在METABRIC-TNBC队列中,MCP-counter-CAF和xCell-CAF分别与活化的NK细胞呈负相关。在TCGA-TNBC队列中,EPIC-CAF、MCP-counter-CAF和xCell-CAF均与CD8+T细胞呈负相关。在GSE25066-在TNBC队列中,xCell-CAF与CD8+T细胞呈负相关。此外,CAFs可能与M2巨噬细胞呈显著正相关,而这一结果仅在METABRIC-TNBC和GSE25066-TNBC队列中观察到。此外,xCell-CAF和EPIC-CAF分别是METABRIC-TNBC和TCGA-TNBC队列总生存的危险因素。
1、手术切除后,从组织样本中分离出正常的癌旁成纤维细胞(NAF)和癌相关成纤维细胞(CAF)。进一步利用测序和质谱技术,探索NAF组和CAF组的转录组表达谱和差异表达基因(DEGs)(图4a)。
2、CAFs中表达的前40个DEG如图4b所示,质谱法鉴定出了前40个分泌蛋白(图4c)。与NAFs相比,CAFs中细胞外蛋白BGN表达上调。先前的研究表明,BGN在治疗耐药性和免疫活性中的作用。
3、比较了RNA测序中BGN的TPM值(图4d)。进一步比较了TCGA-TNBC队列中的BGN水平,并观察到肿瘤组织中的BGN水平显著升高(图4e),通过Westernblot在蛋白水平上进一步验证了该结果,并观察到患者1、2和3的CAFs中大聚糖蛋白水平显著升高(图4f)。
4、为了进一步证实BGN在不同肿瘤成分中的表达谱,我们使用单细胞测序数据集分析了其表达模式。结果表明:GSE88715中显示肿瘤间质部分的BGN表达水平较高(图4g)。
5、为了进一步证实BGN在TNBC中的表达特征,分析在scRNA-seq数据集中的表达水平。BGN主要在TNBC队列的整体成纤维细胞中表达(GSE118389;图5a,5b)。在另一个具有更详细的细胞簇的数据集中,BGN主要在CAFs和血管周围样(PVL)亚群中表达(图5c-e)。
6、在这些队列中,BGN的表达水平分别与MCP-counter和xCell估计的成纤维细胞和内皮细胞的评分显著相关(图6a-c)。
这些结果进一步表明,BGN可能是TNBC中CAF特异性的生物标志物,并在细胞外基质中发挥其作用。
1、首先使用BGN相关基因进行了GO富集,其结果如图6d-f所示。参与癌症发生和TME调节的代表性信号通路在METABRIC-TNBC、TCGA-TNBC、GSE25066-TNBC队列中显著富集。高BGN水平表明新血管延伸、淋巴管形成、细胞外基质重塑和促进肿瘤细胞转移。此外,BGN还与免疫抑制微环境的形成相关。这些结果表明,大聚糖可能与TNBC患者的肿瘤血管生成、TME重构和肿瘤转移有关。因此,它可能作为这些队列中的前肿瘤和免疫抑制因子。
2、因此进一步分析了BGN与免疫信号之间的关系。首先,分析BGN与免疫相关基因之间的相关性(图7a)。BGN与一些免疫抑制分子,包括TGFB1、VEGFA、VEGFB和CD276呈正相关。然而,除了GSE103091中的CTLA4和CD274(PD-L1)以及GSE21653中的BTLA外,没有观察到与经典检查点分子的显著关联。这些结果提示BGN可能影响免疫细胞浸润或调节免疫活性。
3、因此,作者计算了BGN表达与估计分数之间的相关性(图7b)。BGN与各队列的基质评分呈显著正相关。我们观察到BGN与METABRIC-TNBC、GSE21653和GSE103091的免疫评分之间存在显著相关性。
4、此外,我们检测了BGN和免疫成分之间的相关性。在METABRIC-TNBC和TCGA-TNBC队列中,BGN分别与CD8+T细胞和活化的NK细胞显著相关。此外,除METABRIC-GSE21653、GSE25066-TNBC和GSE103091外,BGN与M0巨噬细胞均相关(图7c)。
5、Kaplan-Meier分析显示,较高的BGN表达水平预示着每个队列更差的总体生存结果(图8a)。
6、最后,验证了大聚糖在SYSUCC队列中的预后价值和免疫抑制功能。患者在
高大聚糖组浸润CD8+T细胞总浸润水平较低(图8b,8c)。生存分析显示,大聚糖可能作为TNBC的一个不良预后标志物(图8d)。SYSUCC队列的单因素和多因素Cox回归模型表明,大聚糖是总生存期的独立危险因素(表S3)。
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