太平天国运动爆发之时，全国境内各股起义势力纷纷乘势而起，清政府四处镇压。此时的清政府内忧外患，中央以及地方政府得花钱、镇压打仗得军费、西方列强得赔款，这些可不是小数目，怎么办呢，就只能想方设法从老百姓头上来征税。
清朝在云南驻有绿营兵近四万人，这些人吃喝拉撒也都得要钱，这些钱也得云南的老百姓出。而云南地处西南边疆，土地多山且又贫瘠，可清政府不管那么多，照样分摊多种赋税到云南各族人民头上，云南老百姓的负担也是越来越重。
当然满清政府也担心云南的老百姓也跟风起义，这满清政府对西方列强是没办法，可对付老百姓可是有一套。云南有很多个民族，为了转移老百姓的反抗斗争目标，满清政府就挑拨各个民族之间的矛盾和纠纷。
汉族和回族人数在云南省占比较多，这两个民族在嘉庆、道光年间由于厂矿利益本来就有一些矛盾和冲突。这些错综复杂的民族关系，也给了满清政府利用的机会。
1855年，云南临安府的汉族和楚雄府的回民为了争夺楚雄府南安州石羊厂银矿，发生纠纷。楚雄府的地方官当官不为民做主，却故意挑拨。今天看到汉人势力强，就怂恿汉人打杀回人，明天看到回人势力强，就又怂恿回人打杀汉人。在地方官府的挑拨下，双方矛盾激化，导致了回汉规模性械斗。
1856年，由于回民团结自卫，打败了汉民，而云南巡抚舒兴阿、团练大臣黄琮以及署布政使清盛竟然直接下令屠杀自卫反击的回民。这回民一看，心都凉透了，你官府不好好协调矛盾却挑拨让我们打架斗殴，打完了还要杀我们回民，这还有天理吗？
于是回民就在姚州起义，攻占州城，公然反抗满清政府。云南境内其他州城的回民相继响应，其他少数民族的百姓以及汉族百姓一看这阵仗，此时不反更待何时，于是也跟着一起凑热闹起义了。
于是浩浩荡荡，持续了十八年的农民起义战就此拉开了序幕。在起义初期，起义军组长比分散，但随着斗争的激烈，以及起义军势力的逐渐增大，渐渐形成了两支强大的起义团队。一支是由马如龙、马德新、徐元吉等率领滇东、滇南农民起义军；另外一支就是由著名的兵马大元帅杜文秀领导的滇西农民起义军。
这马德新和马如龙都算是回族上层阶级，马德新是云南回民的总掌教，马如龙则是出身于官宦之家的清朝武生。1857年，马如龙、马德新率领滇东、滇南农民起义军去围攻省城昆明的时候，眼看着就要攻破昆明城的时候，满清政府也赶紧做了一轮危机公关，革职当初下令杀回民的官员疏解回民怨气，召请外省回民官员回云南利诱拉拢收买回民。而这一系列小伎俩竟然忽悠住了两位首领，与清政府签订了“永不滋事”的承诺书，并遣散了围攻昆明的起义军。围攻昆明，也就不战而退了。
1858 年，由于清军集结进攻回民，再加上马德新、马如龙这俩哥们儿可能没捞到什么好处，又再次起义。于是滇东、滇南农民起义军又得到了发展。
1860 年春，马如龙率部攻克楚雄城，并在杜文秀率领的滇西起义军西面攻击清军的夹击下，又接连攻克南安州、镇南州和定远县，控制了楚雄府的全部州县，并将楚雄清军全部歼灭。
这时的农民起义军可以说是如日中天，攻无不克战无不胜，如果杜文秀和马如龙两支势力强大的起义军能够合二而一，联合作战，不敢说能推翻满清，但是再建一个大理王国估计没什么问题。但是，这马如龙本身就是官宦之后，而且也认为自己功劳很大，也不愿意跟杜文秀争老大，于就是率领滇东、滇南起义军返回澂江，没事就去打打省城昆明。
1862 年，马如龙又带人去打昆明，这时候云南府周围大多地盘都被起义军占领了，昆明成了一座孤城。满清云南巡抚徐之铭看这架势，就又动起了小心思，这回真是打不赢，省城要是丢了麻烦就大了。于是就跟马如龙谈判讲和，“小马啊，朝廷现在虽说是多事之秋，但瘦死的骆驼比马大，现在主力一时都用在别的地方，别看你们现在蹦跶，等主力杀回云南了你们能顶得住吗？你祖辈也都是当官的，你也被朝廷授予过武生，你还是投降朝廷吧，我保准给朝廷推荐你高官厚禄”。
马如龙这些本来就算是贵族之后，想的也是名利什么的，这机会终于来了，不能错过。于是在兵力占绝对优势的情况下就投降朝廷了，为了能升官加爵，马如龙解散部下的起义军，归还占据的城池，还亲自到各地去劝降农民起义军，对于滇东、滇南起义军的瓦解起到了重要作用。
马如龙
朝廷一看，这俩人还真懂事，就封马如龙“署理总兵”的官职，封马德新以“二品伯克”之衔。
此后，马如龙一直在昆明，负责防守省城，做一些战前准备工作。在这期间，马如龙、马德新不停的书信、派亲信劝降滇西农民起义军首领杜文秀，甚至亲自出马到杜文秀的根据地大理劝降，又是许高官厚禄，又是军事威胁。这杜文秀也是真英雄，软硬不吃，不为所动，铁了心要反清，并说看不起那些身为革命领袖，却为了一官半职投降压迫自己的统治者的小人。这也彻底对立了投降者马如龙与革命者杜文秀，双方大战一触即发。
1867年，马如龙联合其他将领和地方团练，分兵几路进攻滇西。这时候清军虽然人数从多，打了那么多败仗，士气低落，尤其是一些回民将领和士兵，之前大家同心协力打汉族恶霸，打官府，那是欺压自己的人，现在怎么又去打同族回民，这下不了手啊。而滇西的农民起义兵，势头正旺，看到这些叛徒也来气，战斗力就更强了。马如龙看到这架势，败局已定，就推说自己身体不好生病了，就撤军逃回了省城。
1968年，杜文秀起义军休整恢复后，率10万起义大军东征省城昆明。起义军从北、西、南三面包围了省城昆明，这时驻守昆明的只有马如龙带领的不到2万的清兵，昆明城岌岌可危。马如龙在城外作战肯定是打不过，只能退入城内，坚守不出，等待援军。这时杜文秀也派人劝说马如龙归顺，而且有部分守城的降临跟起义军也有互通，马如龙这个时候到硬气了一回，他以“谋叛”的罪名捕杀了数名跟起义军有互通的将领，并表决心，“城存则存，城亡则亡。首可断，志不可断”。
在马如龙投降满清政府获取高官后，一直死心塌的报效清廷。他曾率军包围寻甸、曲靖，诱杀滇东起义军首领马联升、马荣。而最终杜文秀起义军东征兵败身死，这其中与马如龙策反、奋战也有关，他叛变革命卖命效忠清廷后，在镇压滇西起义军方面也起到了至关重要的作用。
如果马如龙没有背叛革命投降清军，如果杜文秀和马如龙两支势力强大的起义军能够合二而一，同心协力，也许云南农民起义战争就不会失败，也许能够再建一个大理王国吧！
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