安捷伦片段化分析仪,英文全称Fragment Analyzer,简称FA。 又因为其基于毛细管电泳原理( capillary electrophoresis),又被部分客户简称CE。该仪器的前身是美国Advanced Analytical Technologies(AATI)公司研发生产的新型突变检测及核酸片段分析系统,在2018年被安捷伦收购后,被整合进安捷伦的自动化电泳系统产品线。
仪器型号:
检测原理:
毛细管阵列是片段分析仪系统的基础。填充凝胶后,首次进样施加电压,然后将DNA 和 RNA 样品根据其分子量大小通过各个毛细管实现分离。当片段通过检测窗口时,高灵敏度电荷耦合检测器 (CCD) 采集片段的分子量和浓度信息,然后在 ProSize 数据分析软件中显示。毛细管阵列有三个规格:12阵列(长度为22cm,33cm和55cm),48阵列(33cm)和96阵列(33cm和55cm)。
图 1 片段化分析仪检测原理。A)毛细管阵列;B)片段化分析仪结构
检测参数:
样本操作软件:Fragment Analyzer controller software
数据分析软件:ProSize
通量:最高96*3
分辨率:最高3bp
DNA最长分辨率:60kb
DNA分析灵敏度:LOD 5pg/µl
RNA最长分辨率:10000nt
RNA分析灵敏度:LOD 50pg/µl
上样量:1-2µl
资质:IQ/OQ
优势:
通量灵活可变:可根据需求选择合适的阵列, 12、48 或 96 根毛细管。
通用性强:同时设置两种不同的凝胶,可自动分离完全不同的样品类型
高分辨率和高灵敏度:皮克级别的核酸检测灵敏度,300bp以内可分辨3bp
针对不同应用配有相应的试剂盒:NGS、PCR、cfDNA,mRNA,小RNA等众多应用都可以提供准确的核酸评估方案以确保获得出色性能。
自动化程度高,可做到无人值守
结果展示:
样本质控参数:
片段化分析仪和安捷伦经典的2100生物分析仪一样,提供数值化评估样本质量的指标。
RQN = RNA Quality Number – RNA质量参数,与RIN值相似, 算法会有所差异。相关性测试表现出RQN和RIN值一致性。
GQN = Genomic Quality Number – 基因组质量参数,用户可以设置片段大小阈值,以评估特 定样品类型的质量。测量计算超过阈值的DNA量。与DIN值算法不同。
DQN = DNA Quality Number – DNA质量参数,与GQN类似,仅针对有Upper和Lower markers的试剂盒。
DV200 = Deviation Number 200 – 由Illumina开发用于评估FFPE RNA样本质量。测量计算超出阈值的RNA量
应用:
NGS文库构建流程质控:可用于检测样本DNA 和RNA 完整性质控,核酸样本片段化,接头连接以及最终文库的质控。
mRNA疫苗与药物开发流程质控: 可用于模板DNA,体外转录RNA 等质控
检测宿主细胞残留DNA(HCD)
用于分子育种领域(SSR, Tilling)
用于三代测序质控与长片段分析
微量(低至飞克级)核酸样本分析
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