拿到了测序结果,欢欢喜喜的通过了测序质量控制,下面该怎么做呢?
做细菌重测下的小伙伴们首要考虑的当然是细菌基因组的组装啦
要是运气好能组装成完成图,后面的文章就好写多啦(铛!铛!铛!快醒醒,天亮啦)
二代测序的下机数据很难直接拼接成完成图的~
但是!拼接组装结果的好坏是直接影响了后续的数据分析的
影响组装结果的主要有以下几个因素:
(1)测序深度和覆盖度:一般来讲,测序深度和覆盖度越多,拼接组装的结果越好。
(2)组装软件和策略的选择:在同样测序深度和覆盖度的情况下,通过调整组装策略和参数有可能显著改善组装结果。
如果你对测序公司提供的组装结果不满意,
如果你想省下让测序公司分析的大把银子,
那就自己来玩转组装吧~~~
我们为疾控系统的科研人员专门提供了一款工具“Assemble”,
无需安装软件,无需准备机器,无需学习操作命令,
只需上传文件,鼠标点点点,就能查看组装结果啦~是不是很简单?
如果您对组装结果不满意,还可以通过在线调节参数的方法,不断优化结果,直到满意为止!
是不是很有趣?
那到底怎么用呢 请慢慢听我说~
微生物分析云平台分析之Assemble
讲师介绍
苗娇娇,中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,生物信息分析师,微生物数据分析云平台项目技术负责人。长期从事基于16S的病原微生物的鉴定以及微生物领域大数据的科研与应用工作。
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