ARGs-OAP耐药基因检测分工具 & 微生物数据分析云平台

张彤教授团队不仅在环境分子生物学技术、宏基因组学技术等方面积累了丰富经验，在耐药领域，张彤教授团队开发了ARGs-OAP耐药基因检测分析工具，用于环境样品宏基因组测序数据中耐药基因的多维信息挖掘。在张彤教授、殷晓乐博士帮助下，我们已将ARGs-OAP 2.0成功部署到微生物数据分析云平台（https://analysis.mypathogen.org），分析云平台的小伙伴们不仅可以在ARGs-OAP耐药基因的检测分析平台（http://smile.hku.hk/SARGs/）进行耐药基因的检测，也可以通过微生物数据分析云平台进行耐药基因分析啦！

微生物数据分析云平台（https://analysis.mypathogen.org）是由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所构建，致力于为疾控系统用户提供准确、高效、安全的可视化分析工具，以提升疾控领域大数据的利用。目前，微生物数据分析云平台已开放35+个信息分析流程，覆盖了高通量测序数据拼接组装、功能注释、病原菌筛查等多个分析功能，用户可根据需求自行选择分析流程，灵活设定分析参数，多个分析流程并行分析数据。

Detection_for_antibiotic_resistance_genes

ARGs-OAP2.0耐药基因检测分析工作流

以宏基因组原始测序结果为起点，以耐药基因的结构化数据库为依托，进行环境样品中耐药基因的多维信息挖掘，包括定性分析：耐药基因的分类鉴定；定量分析：耐药基因的丰度测量，并且附加宏基因组中细胞数的鉴定以及16S rRNA拷贝数鉴定，进一步对不同表型、基因型的耐药基因丰度进行划归；可视化分析：和多种已知环境样品进行统计学分析，得到聚类信息。

目前该工作流支持1~20个环境样品宏基因组测序数据的同时分析，用户仅需提交一个分析任务，便可获得各个样本的耐药基因检测结果，以及样本间耐药基因差异信息。

为使用户可以快速应用该工作流，我们将输入文件名前缀定义为SampleName.Group_1和SampleName.Group_2格式，通过用户输入文件名称生成meta-data.txt文件，然后用于PCoA绘图。以便于简化用户手工操作，省略用户编辑、输入meta-data.txt文件过程，同时避免meta-data.txt文件的错误格式导致分析失败情况。如果用户未使用指定文件名格式可能会出现PCoA图上点没有图例情况。

注：目前仅支持双端测序数据分析，输入文件要求如下：

（1）forward：Forward sequence (R1) of pair-end Illuminasequencing data in fastq format ,The suggested file name format is SampleName.Group_1.fq
（2） reverse：reverse sequence (R1) of pair-end Illumina sequencing data in fastqformat ,The suggested file name format is SampleName.Group_2.fq

此外，该工作流提供5个参数，开发者已为用户设置最优分析参数值，用户不仅可默认已配置参数直接分析，也可根据自己数据情况灵活调控参数，玩转耐药基因检测工具。

参数说明：

（1）evalue：evalue filtering default 1e-7
（2）length：length filtering default 25 aa
（3）identity：identity filtering default 80 (it isrecommended to use 75% of the raw reads length)
（4）threads：number of threads used for analysis, value 1~4
（5）tag：Output prefix

开发者：香港大学张彤教授课题组Yin X, Jiang X T, Chai B, et al. ARGs-OAP v2.0 with an Expanded SARG Database and Hidden Markov Models for Enhancement Characterization and Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Metagenomes.[J]. Bioinformatics, 2018.

原文链接：
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty053