用基因组鉴定细菌耐药，到底靠不靠谱？

答案是“靠谱!”

你说，我不相信!耐药的问题这么复杂，基因型和表型的对应关系一直被认为不是很好啊。

是的。微微之前也是这么认为的。但是！(划重点)，基因型和表型一致性的问题，随着科学研究的深入，以及耐药数据库的完善，最终是可以解决的。

不信，来看看微微今天与大家分享一篇好文~

Thomas M , Fenske G J , Antony L , et al. Whole genome sequencing-based detection of antimicrobial resistance and virulence in non-typhoidal Salmonella enterica isolated from wildlife[J]. Gut Pathogens, 2017, 9(1):66.

研究对象：103株沙门菌Salmonella。采集于1988~2003年。血清型不同，来源不同(详见文中表格1)。

其中50.48%菌株至少对一种抗生素耐药-检测了耐药表型。12种抗生素耐药表型检测方法为Sensititre NARMS gram-negative plate。

结果如下图所示

所有菌株都进行了基因组测序-检测了耐药基因型。结果如下图所示

结果表明耐药基因型和表型之间拥有非常高的一致性!

文章和图表有些复杂，微微把重要结果提炼出一个表格

Sensitivity是指具有耐药表型的菌株里检测出耐药基因的菌株所占的比例(G+P+菌株/P+菌株)。由表中可以看到，5类抗生素的Sensitivity都是让人惊喜的100%。

Specificity是指具有耐药基因型的菌株中检出耐药表型的菌株所占的比例(G+P+菌株/G+菌株)。除氨基糖苷类Aminoglycosides外，其余四种抗生素都在90%以上。

小结：

(1)在沙门菌中，耐药基因型和表型表现出了让人惊喜的一致性。

β-内酰胺类抗生素中，一致性达到了100%。说明用基因组测序结果进行耐药预测是完全可行的!

(2)耐药数据库仍有待进一步完善。例如，在103中菌种有1株菌为tetracycline耐药，但是却没有检测出任何和tet耐药相关的基因，说明仍有新的未知耐药基因有待我们进一步发掘。

换个角度，当耐药数据库足够完善的时候，基于基因组进行耐药表型的预测，结果将更为可靠!

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