细菌基因组质控指标知多少

你以为测序质控合格就结束了吗?

错!

要拿到一条合格的细菌基因组，你还需要再达到以下几个指标

一、Contig数(>1000bp)

该指标是指拼接后所得到的大于1000bp的片段数量。

Contig数越少，代表基因组越完整。Contig数越多，代表组装所得的基因组越零散。

一个质量较好的细菌基因组Contig数应小于100。

如最终得到1条完整的染色体，即contig=1时，则最佳，代表获得了细菌完成图。

二、参考基因组覆盖度

对于细菌重测序，需评估该指标。该指标是指将测序结果与参考基因组比对后所得的coverage。

建议覆盖度>=95%

如低于该值，考虑是否有大片段插入缺失 或 测序质量问题。

三、N's per 100 kbp

该指标是指每100kb碱基中所含有的不确定碱基数，该指标越高，代表拼接结果越差。

四、Total Length

对于细菌重测序，需评估该指标。

该指标是指拼接后所得的所有片段的总长度。

如与参考基因组的总长度有20%以上的差异，需考虑是否有大片段插入缺失 或 测序质量问题。

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