之前笔者做实验踩过一次大坑，差点测序数据全军覆没
详情可见《测序数据挽救大作战 之 illumina重拆分方案》
虽然说是成功抢救回了数据，可也让我对Miseq的测序文件产生了极大的好奇。
Illumina测序过程到底产生了哪些文件？它们彼此间的关联是什么？如果发生了意外，我们可使用哪些数据来挽救实验数据呢？
一番研究后，笔者发现测序仪中的BCL文件是所有文件的核心所在。
为啥呢？让我来慢慢说~
首先，BCL文件是什么？
BCL文件又被称为per-cycle BCL basecall file，是illumina测序过程中产生的文件，是由拍照产生的图片转化而来，测序完成后可由程序转化为fastq文件。
So，BCL文件为什么重要？
划重点，BCL文件可以转化为fastq，是测序更底层的原始文件，只要有了BCL文件，即使数据拆分错误，测序实验出问题都不用怕，只要有BCL文件存在，我们就可以重新拆分数据提取fastq。
其次，BCL文件在哪里？
我们要知道，每次跑测序反应，测序仪都会自动的生成一个以时间开头的新的文件夹，如下图所示
每个文件夹下，保存的就是该次测序反应所有相关的文件啦。
我们打开文件看一下，里面有啥呢？
好多东西。。。哪里是我们的测序数据啊？
别慌，我们的测序数据就藏在"Data\Intensities\BaseCalls"文件夹下呢
那我们刚才说的同样很重要的BCL文件在 哪里呢？
在L001路径下，如下图所示
在这里C值代表了Cycle，也就是一个反应循环。换言之C1.1文件夹下包含了测序仪第一个测序循环里的所有产生的数据。
而每个测序循环所产生的测序数据（测序仪咔咔咔咔拍的照片），就是按照BCL文件保存的
因为包含的信息太多，所以会把内容切分成多个bcl文件保存。
第三，BCL文件怎么转化为Fastq？
有两种方式，我们可以利用测序仪自带的Local Run Manager操作转化，也可以通过llumina提供的命令行工具转化。这两种方式，之前的帖子都各自有介绍，就不重述啦~~
测序数据挽救大作战 之 illumina重拆分方案
记一次紧张害怕转危为安的测序实验
第四，BCL文件怎么查看或运用？
这点也是笔者失败的地方~ 笔者发现BCL文件是用二进制的方法存储信息的，里面具体如何代表每个cluster的ATCG情况并未找到相关文档介绍，想继续拆解BCL文件实在是让人挠头呢~
有了解的小伙伴可以分享破解经验吗？
或者有团队有意向一起研究一下吗？
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