一图胜千言-MLST在线绘图工具

MLST是我们细菌分子分型的一个非常重要的方法。

随着高通量测序技术的发展，MLST也随之进一步升级成了cgMLST方法，以大量菌株的核心基因组作为序列分型标记，将分型的分辨率进一步提高。

关于MLST的基本原理介绍、使用方法、操作视频等，在笔者前期的几个贴中都有介绍。大家感兴趣的话，可以回看。

细菌MLST分型怎么做？看这里~

2022实操培训第4讲-细菌MLST分型实操演示

今天和大家分享的是，如何可视化展示MLST的分型结果。

最经典的获得上图的工具是Bionumerics，可惜的是，该软件收费，而且还挺贵，不是每个实验室都能配备。

那么，有没有又免费又好用的工具，可以可视化绘图MLST结果呢？

有的呢～就是我们今天的分享的主角PHYLOViZ

PHYLOViZ : https://online.phyloviz.net/

虽然原则上需要注册后使用。如果您实在懒得注册，也可以用demo账号（密码demo）直接登录，实测使用也不受任何影响的呢。

用户登录后，点击左侧菜单栏的Upload选项可上传自己的MLST分型结果数据。

比较推荐的是，使用profile格式上传。格式如下图所示

https://online.phyloviz.net/data/profileData.tab

每一行为一株菌的信息，每一列为一个基因位点。数字代表其型别。

FILE  T308_05745  T308_01980  pbp1A  pepN  spr1868  MYY_1559  SPNOXC_18220  SPCG_0300  folC  SP_0994  T308_07955  proS  SP_1378  glmU  pfkA  SPH_0698  gltX  SPP_1577  SPH_2221  SPH_0011  mraW  ABC-MSP  SPNINV200_04030  SPN23F_03890  groEL  fmt  SPN23F_06830  SP_0801  SP_1369  lysA  spr0747  SPH_2425  SPG_0791  hrcA  mutM  sulD  recF  MYY_0732  deoB  rseP  T308_09660  SPAP_0959  dapA  SPCG_0009  SPNOXC_10430  SPH_1568  SPNINV200_01840  sufB  SP70585_1946  recX  SPH_1677  proC  engC  dnaB  SPH_0901  SPCG_0004  glcK  trxB  T308_07675  SPNINV200_19970  HMPREF1038_01932  SPG_1501  SPCG_1853  deoC  SPCG_1945  SPCG_1937  pgk  ftsZ  SPN23F_19960  SP_1388  SP_1893  nagA  coaE  SPNA45_02072  INV104_10950  SPN23F_14690  dapB  SPCG_1000  spr1655  SPNOXC_13960  cpoA  thyA  rnz  SP670_2364  nadD  exoA  SPH_0308  accC  era  MYY_0831  SPCG_0199  SPT_0815  SPN23F_14860  SPN034156_10190  trsA  lgt  carA  adk  ulaD  pstS  SP_0204  recU  spr1158  T308_01440  SPNA45_00786  rpe2  spr0664  dnaQ  spr1400  SPAP_1556  amiF  rnc  INV104_16000  T308_05720  gla  HMPREF1038_01632  SPCG_0812  nagB  frr  T308_00050  fabG  HMPREF0837_11925  eutD  nrdF  SP70585_1168  pstB2  SP70585_0662  rpoA  SPCG_1623  T308_02840  spr2028  pstB3  deoR  SPN034156_04020  SPCG_1487  ctsR  secY  HMPREF1038_01954  SPJ_1559  HMPREF1038_01728  spr0488  nrdG  T308_10820  T308_10680  codY  SPNOXC_15600  nifU  thiW  gapA  upp  T308_08170  SPH_1611  rplB  hpt  SP670_0262  HMPREF1038_00527  SPNINV200_13110  HMPREF1038_00979  T308_05785  spr0026  T308_06415  SP_1580  ftsE  pgsA  SPAP_0270  pyrH  SP670_2107  psaC  gpmA  SPJ_0703  T308_03580  fabZ  clpP  SP670_1952  SP670_1938  dut  MYY_0778  rplC  T308_03475  HMPREF0837_10669  T308_08525  T308_08805  rplI  ciaR  MYY_1563  SPCG_0966  T308_06605  rnpA  lspA  SPP_1560  SPCG_0306  ftsL  T308_04825  T308_10715  rplU  SPNA45_00008  rpsI  SPP_1430  spr1316  SPP_1761  accB  rpsH  MYY_0416  T308_01970  rpsM  SPH_1429  spr0980  rpsE  rpsG  T308_04655  SPH_0772  spxA  rplX  rpsJ  SPNA45_01833  rplN  T308_05750  rplT  SPAP_0276  SP670_2349  SPNOXC_15380  rpsR  rpsL  rplW  infA  SPCG_1446  asp23  pyrR  T308_01120  rpsO  rplP  rpsQ  T308_03960  T308_01145  rpsS  rpmC  rpmINC_022655.fna 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上传成功后，可以在左侧菜单栏的User Data Sets找到自己刚才上传的数据。点击该数据后，再次点击下侧深蓝色的“Launch Tree”按钮后，就会出现我们的结果图啦~

这时候，我们可能会觉得tree还不够的漂亮。那左侧的菜单又可以继续发挥作用了

您可以尽情的点开尝试一下，里面有各种颜色的选择，节点大小的调整，不同模式的分类展示方式。

甚至手工拖拽修改也是完全可以的呢。

是不是感觉还挺有意思的呢？