MLST是我们细菌分子分型的一个非常重要的方法。
随着高通量测序技术的发展,MLST也随之进一步升级成了cgMLST方法,以大量菌株的核心基因组作为序列分型标记,将分型的分辨率进一步提高。
关于MLST的基本原理介绍、使用方法、操作视频等,在笔者前期的几个贴中都有介绍。大家感兴趣的话,可以回看。
今天和大家分享的是,如何可视化展示MLST的分型结果。
最经典的获得上图的工具是Bionumerics,可惜的是,该软件收费,而且还挺贵,不是每个实验室都能配备。
那么,有没有又免费又好用的工具,可以可视化绘图MLST结果呢?
有的呢~就是我们今天的分享的主角PHYLOViZ
PHYLOViZ : https://online.phyloviz.net/
虽然原则上需要注册后使用。如果您实在懒得注册,也可以用demo账号(密码demo)直接登录,实测使用也不受任何影响的呢。
用户登录后,点击左侧菜单栏的Upload选项可上传自己的MLST分型结果数据。
比较推荐的是,使用profile格式上传。格式如下图所示
https://online.phyloviz.net/data/profileData.tab
每一行为一株菌的信息,每一列为一个基因位点。数字代表其型别。
FILE T308_05745 T308_01980 pbp1A pepN spr1868 MYY_1559 SPNOXC_18220 SPCG_0300 folC SP_0994 T308_07955 proS SP_1378 glmU pfkA SPH_0698 gltX SPP_1577 SPH_2221 SPH_0011 mraW ABC-MSP SPNINV200_04030 SPN23F_03890 groEL fmt SPN23F_06830 SP_0801 SP_1369 lysA spr0747 SPH_2425 SPG_0791 hrcA mutM sulD recF MYY_0732 deoB rseP T308_09660 SPAP_0959 dapA SPCG_0009 SPNOXC_10430 SPH_1568 SPNINV200_01840 sufB SP70585_1946 recX SPH_1677 proC engC dnaB SPH_0901 SPCG_0004 glcK trxB T308_07675 SPNINV200_19970 HMPREF1038_01932 SPG_1501 SPCG_1853 deoC SPCG_1945 SPCG_1937 pgk ftsZ SPN23F_19960 SP_1388 SP_1893 nagA coaE SPNA45_02072 INV104_10950 SPN23F_14690 dapB SPCG_1000 spr1655 SPNOXC_13960 cpoA thyA rnz SP670_2364 nadD exoA SPH_0308 accC era MYY_0831 SPCG_0199 SPT_0815 SPN23F_14860 SPN034156_10190 trsA lgt carA adk ulaD pstS SP_0204 recU spr1158 T308_01440 SPNA45_00786 rpe2 spr0664 dnaQ spr1400 SPAP_1556 amiF rnc INV104_16000 T308_05720 gla HMPREF1038_01632 SPCG_0812 nagB frr T308_00050 fabG HMPREF0837_11925 eutD nrdF SP70585_1168 pstB2 SP70585_0662 rpoA SPCG_1623 T308_02840 spr2028 pstB3 deoR SPN034156_04020 SPCG_1487 ctsR secY HMPREF1038_01954 SPJ_1559 HMPREF1038_01728 spr0488 nrdG T308_10820 T308_10680 codY SPNOXC_15600 nifU thiW gapA upp T308_08170 SPH_1611 rplB hpt SP670_0262 HMPREF1038_00527 SPNINV200_13110 HMPREF1038_00979 T308_05785 spr0026 T308_06415 SP_1580 ftsE pgsA SPAP_0270 pyrH SP670_2107 psaC gpmA SPJ_0703 T308_03580 fabZ clpP SP670_1952 SP670_1938 dut MYY_0778 rplC T308_03475 HMPREF0837_10669 T308_08525 T308_08805 rplI ciaR MYY_1563 SPCG_0966 T308_06605 rnpA lspA SPP_1560 SPCG_0306 ftsL T308_04825 T308_10715 rplU SPNA45_00008 rpsI SPP_1430 spr1316 SPP_1761 accB rpsH MYY_0416 T308_01970 rpsM SPH_1429 spr0980 rpsE rpsG T308_04655 SPH_0772 spxA rplX rpsJ SPNA45_01833 rplN T308_05750 rplT SPAP_0276 SP670_2349 SPNOXC_15380 rpsR rpsL rplW infA SPCG_1446 asp23 pyrR T308_01120 rpsO rplP rpsQ T308_03960 T308_01145 rpsS rpmC rpmI
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上传成功后,可以在左侧菜单栏的User Data Sets找到自己刚才上传的数据。点击该数据后,再次点击下侧深蓝色的“Launch Tree”按钮后,就会出现我们的结果图啦~
这时候,我们可能会觉得tree还不够的漂亮。那左侧的菜单又可以继续发挥作用了
您可以尽情的点开尝试一下,里面有各种颜色的选择,节点大小的调整,不同模式的分类展示方式。
甚至手工拖拽修改也是完全可以的呢。
是不是感觉还挺有意思的呢?
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