Python攻克第1关：批量调用

说来惭愧，生信进坑20年，工作也十余年了，我竟然一直不会Python。

上学时学的Perl，后来又自学了点R，就一直这么用下来啦。

不是说Perl和R不好，只是这几年Python实在太厉害，出了好多厉害的包和工具，很多牛到极点的生信程序也都是用python编写的。

想来想去，不会python，实在是不好意思说自己是做生信工作的。

一咬牙一跺脚，学吧，哪怕年龄大点，脑袋笨点，孩子闹腾点，学的慢点，总归是能学会的（吧？）

所以，屏幕前的你，要不要也一起来学呢？

今天，先攻克第一关，如何用python批量调用其他程序呢？

先假设一个场景，我们Miseq测序一轮产生了10株菌的测序数据，文件名从Sample1到Sample10。现在我们希望将其依次与参考基因组(Ref.genome)比对。比对程序为bowtie2。如果是一个个运行，也不是不行，但未免太慢了。我们想批量运行该如何做呢？

实际上，各种语言，包括shell脚本都能实现这个功能，不过从学习python的角度，我们还是尝试写下我们第一行的python脚本吧~

Let us Go!  python攻克第一关：批量调用

#!/usr/bin/env pythonimport subprocessref_genome="Ref.fasta"subprocess.run(["bowtie2-build",ref_genome,"ref_genome_index"])
for i in range(1,11):   input_file="Sample{}.fq".format(i)  print(input_file)  out_file="Sample{}.sam".format(i)  bowtie2_commend=["bowtie2","-x","ref_genome_index","-U",input_file,"-S",out_file]  print(" ".join(bowtie2_comment))  subprocess.run(["bowtie2","-x","ref_genome_index","-U",input_file,"-S",out_file])

下面开始逐行解释以上程序哈

第1行：永远的第一行 从#!/usr/bin/env python开头 含义是告诉计算机，下面你要开始用python运行喽

第2行：import subprocess 导入subprocess包，用于在python中启动子进程

第3-4行：告知计算机参考基因组的文件名（此处需准备好Ref.fasta，并放置于当前运行目录下），并启动bowtie2-build命令建库（注：此步是bowtie2比对程序的需求）

第6-12行：从1到10依次运行bowite2比对程序。用for循环。range（1，11）指从1到10。用format给与名字。用print打印命令行。用subprocess.run运行bowtie2子程序。注意：循环过程中的每一行（7~12行），开头要缩进！python是用缩进来代表层级关系的，这点和perl非常的不同。

以上，12行程序结束了我们场景所需要的批量调用工作。我完成了自己的第一个python小脚本。

你也学会了吗？如果你有好玩有趣的场景，也可以留言哦~让我们一起看看，怎么用python来实现它。

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