中国的史学发达，又有成熟的修史制度。其中“正史”制度的“易代修史”原则，是了不起的创造。“易代修史”，即本朝所修限于“实录”、“起居注”等历史资料，正史由下一朝代编写。这个制度在很大程度地防范了权力对历史的污染，也保护了修史者。
即使这样，中国的历史也存在着一些疑难和模糊。读者在读史时，也需要加以辨识。作者在本书中就尝试分析其中的六个著名案例，力求从历史细节和各方文献的综合梳理中还原复杂的真相。
案例一：焚书坑儒与挟书律
焚书坑儒，是秦始皇公元前213年和公元前212年焚毁书籍、坑杀“犯禁者四百六十馀人”的事件。
挟书律，是指秦始皇采纳丞相李斯的建议，下令禁止儒生以古非今，颁布民间有私藏《诗》、《书》和百家书籍者族诛的法令。
一，史料描述
1，焚书
(1)《史记》原文：
始皇置酒咸阳宫，博士七十人前为寿。
仆射周青臣进颂曰：“他时秦地不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。”始皇悦。博士齐人淳于越进曰：“臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”
始皇下其议。丞相李斯曰：“五帝不相复，三代不相袭，各以治，非其相反，时变异也。今陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知。且越言乃三代之事，何足法也？异时诸侯并争，厚招游学。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族，吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”制曰：“可。”
(2)事件要点
过程看点有三：
一、事发于始皇的寿筵。
二、仆射周青臣方进献颂言为贺，博士淳于越却批评皇帝事不师古，斥周青臣“面谀”“非忠臣”。
三、丞相李斯迅速拿出全面的处理对策，似乎早有谋划。
(3)具体法令
焚书令具体内容计七项：
一、史书方面，除秦官方所撰史，无论周史、列国史或古史旧藏，一律烧掉。
二、史书之外，《诗》《书》和百家语这三类书，惟限任职博士官之人藏有，否则，须皆交出于地方长官烧之。
三、任何人，敢聚议或私下谈说《诗》《书》，将处死并陈尸示众。
四、若有以古非今言论，灭族；凡公家人知情而隐匿不举，亦予灭族。
五、焚书令设三十天缓限期，逾期有书未烧，先领黥面之刑，继充“城旦”一种四年筑城苦役。
六、医药、神仙及种植类书籍，不在“焚书”之列。
七、凡学习政治与法律，只能以公家人为师。
以上可知，焚书令实际上已经远超“书”的范围，明显是加强官方在各方面的统治。
2，坑儒
(1)《史记》原文：
侯生卢生相与谋曰：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚辨于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。秦法，不得兼方不验，辄死。然候星气者至三百人，皆良士，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此，未可为求仙药。”于是乃亡去。
始皇闻亡，乃大怒曰：“吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为言以乱黔首。”
于是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除。犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳。使天下知之，以惩后，益发谪徙边。始皇长子扶苏谏曰：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”
(2)事件要点
细读，关节处亦有三：
一、侯生和卢生两位书生逃亡招致坑儒之祸。
二、始皇的盛怒说明他对这群人的嫌怨根深蒂固。
三、始皇借两人逃亡而迁怒所有书生。人们被迫“传相告引”，彼此揭发以求自保。最终坑杀了“闻不报”的四百六十余人，其他人则被流放。
(3)事件结果
坑儒事件的两个结果，一是坑杀了四百六十余人，二是将咸阳“诸生”集体流放。
作者推测，流放人数多达二万至三万。
二，驭民之术
在进一步分析焚书坑儒的动机中，作者认为此举的根本目的在于秦始皇加强其专制统治，并造成了中国文化历史上的严重灾难。
1，有道之国务在弱民
始皇的专制源自商鞅时的治秦理念。商鞅政策的核心，在“强国”，前提则为“民愚”。在他心中的“国”属于秦王，而民是需要“驭”与“防”的。
简而言之，商鞅认为“强国”之道在“弱民”。《商君书》第二十篇的标题就是《弱民》，“弱民”诀窍在“愚民”，原文举例如下：
“民弱，国强；国强，民弱。故有道之国务在弱民。”
“愚农不知，不好学问，则务疾农。”“国去言，则民朴，民朴则不淫。”
“农战之民千人，而有《诗》《书》辩慧者一人焉，千人者皆怠于农战矣。”
“事《诗》《书》谈说之士，则民游而轻其君。”
2，焚书的危害
李斯的焚书之策也是沿袭商鞅的理念和路线。
焚书令共涉及烧书、禁书、禁言、禁学四大方面。
被烧的书不仅包括民间的经书，也包含了官府保存的古代及他国的史书。这造成比六经更早的书和夏商以及更早的历史荡然无存。
为防止书难以被一把火烧尽，李斯追加了禁书的挟书律”，规定除了 “医药卜筮种树”等实用类的书，一切书籍只许博士官存藏，严禁民间私藏，特别是儒学的《诗》《书》和百家语。
汉初，律法多沿袭秦制，“挟书律”继续有效，直到惠帝四年始除。在这几十年中，全中国人民家中几乎不得有书，造成极度的愚民状况！虽然有人冒死偷藏了一些书，但重见天日后的版本已经不完整。
紧随挟书律，还有言之禁、学之禁，从书籍管制延伸至思想言论管制。不准谈论《诗》《书》，禁止“以古非今”。
由于焚书造成了巨大的文史资料断层，禁言禁学又封闭了记录和传播的空间，各种伪说就趁虚而入，真假难辨了。
三，争论焦点
后世对焚书坑儒的争论一直不断，以下梳理了一些主要疑点和诸家之说。
1、“坑儒”与“坑术士”
始皇所坑到底是儒生还是术士？在《史记》的有关记载中，本纪称“文学方术士”，《儒林列传》称“术士”，两者并不一致。
有人认为始皇实际所坑的非儒生，实际是术士、方士之流。
作者认为，虽然司马迁没有明确指出侯卢二生是儒生，但从他们的言论分析，这两位必然是儒门子弟。而且，从本纪上下文看，在焚书后，未裁撤的这些博士被安排充当“术士”。也就是说儒生和术士只是前后表述的不同，所指的是同一批人。
司马迁写作仔细，在焚书令未颁布时，儒生宜书“儒”，颁行后“儒”已非儒，写作“术士”“方士”更符合实际情况。只是没有料到他的这种严谨，反而引起了后人的混淆和疑问。
作者还引用了刘向的《说苑》和王充的《论衡》作为佐证。
《说苑》“反质”篇中提到，坑儒的导火索侯生被抓获后，对始皇大谈孔孟之道，如“上喑下聋，臣等故去。臣等不惜臣之身，惜陛下国之亡耳。闻古之明王，食足以饱，衣足以暖……”。这说明他们是儒生。
在“至公”篇中，鲍白令之称“陛下行桀、纣之道，欲为五帝之禅，非陛下所能行也。他”对始皇犯颜直谏，也明显是儒家一派的。
刘向为皇家校书，严肃可靠性毋庸置疑。两条史料从侧面证实，儒生触怒始皇。始皇雷霆之怒不发向儒生，反发向方士，于理难融。
在《论衡》中，王充也指出：
传语曰：“秦始皇燔烧《诗》《书》，坑杀儒士。”言燔烧《诗》《书》，灭去五经文书也；坑杀儒士者，言其皆挟经传文书之人也。烧其书，坑其人，《诗》《书》绝矣。
从逻辑上揭示焚书与坑儒有内在有内在联系的，是前后一致的关系。
2、始皇之焚与项王之焚
有人认为，真正消灭古籍的是项羽以及萧何。
桐城派刘大櫆在《焚书辨》中，称“书之焚不在于李斯，而在于项籍；及其亡也，不由于始皇，而由于萧何。”项羽之罪，即“烧秦宫室，火三月不灭。而后唐、虞、三代之法制，古先圣人之微言，乃始荡为灰烬，澌灭无余。当项籍之未至于秦，咸阳之未屠，李斯虽烧之而未尽也”。
至于萧何的责任，则是在咸阳“独先入收秦丞相御史律令图书”，而于“所以传先王之道不绝如线者”，置之不顾，未加收取。
太史公原文为：“项羽引兵西屠咸阳，杀秦降王子婴，烧秦宫室，火三月不灭，收其货宝妇女而东。”这里没有明确说项羽焚书，更明显的是他焚烧“秦宫室”，掳掠财货女人。
司马迁提到他作《史记》能用到的史料“独有《秦记》”，而萧何“独先入收秦丞相御史律令图书”，《秦记》无疑就属于“丞相御史”所藏。当然，萧何的抢救，或止于“丞相御史”所藏，散在博士官处的图籍没有顾上。
3、尽焚与未尽焚
对于焚书的程度也有全部和部分之争。大多数人认为劫后无余，但也有人认为书未尽焚，秦非“无书”。
王充最早提出始皇专焚儒书不焚诸子之说：“秦虽无道，不燔诸子，诸子尺书文篇俱在……书无佚本，经有遗篇。”这里的“书”指诸子书，“经”专指儒书。王充从当时所见“书无佚本，经有遗篇”情形，倒推出来秦火不燔诸子、惟燔儒书的见解。
民国的孙德谦在《秦记图籍考》中，考证秦焚书后留存的文献，计有《易》《尚书》《诗》《春秋左氏传》《战国策》《苍颉》《孔子家语》《张苍十六篇》等约四十种。虽然中间有重复，更有不少私藏传世的，仍可驳倒“谓秦无书”。
以上可见，笼统说始皇烧尽天下之书，站不住脚。
4、今文与古文
焚书制造的最大麻烦，就是今文与古文之争，包括文字与文献两方面。
(1)文字
始皇命“李斯作《仓颉篇》，中车府令赵高作《爰历篇》，太史令胡母敬作《博学篇》，皆取史籀大篆，或颇省改，所谓'小篆’者也”；继又“初有'隶书’，以趣约易，而古文由此绝矣”。可见，先是将文字变为小篆，再变成隶书。小篆比较接近古字，隶书却更为今人接受，所以说“古文由此绝矣”。
文字伴随社会发生变革，是常有之事且无可厚非。但变革如若附带对传统、历史的人为割裂，就形成害处。秦废古文之后，除非有少数人专门学过，连士人精英都“莫能识”。直到《说文解字》在东汉问世，古文识读才有了普及的工具。
这番文字改革，是“厚今薄古”文化战略的一部分，通过减灭能识古文、读古书的人数来截断旧文化的通道。先废古文、再烧古书，秦王朝遂从根子上隔绝了古代或异己思想文化。
(2)文献
“书同文”摒古文于前，“焚书令”灭古籍在后。秦双管齐下，一手制造了日后今古文大讼案。而《尚书》《春秋左氏传》等一批古文书的出现，搅乱了学界。
因为学术和利禄的关系，古文派和今文派互相攻击不断，直到民国还争论不休。
焚书后果之严重，后来有个最直观的证据，即战国魏襄王墓中出土的《竹书纪年》。
这里记录的中国古史面目尚未失真，与后来所知甚有出入。例如《竹书纪年》记曰：“尧之末年，德衰，为舜所囚。”这就是说，尧在其晚期因“德衰”被废黜。几千年来所传的尧的“大圣人”形象，其实是不存在的。
《五帝本纪》有所失实的原因很简单，就是秦火之后史籍损失极惨。司马迁所能采用的资料，都经过了儒家观点的修饰。所以，锅不能简单地只扣在司马迁头上。
焚书彻底地伤害了中国的历史，这一损失似乎永远不可逆，并且祸及今天。比如，以举国之力开展的“夏商周断代工程”，虽宣告完成，却仍旧无法避免较大争议。
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