柴胡牡蛎两药相伍，既宣阳气之不达，又展阴气之不舒，能潜浮阳、敛真阴，舒肝郁、软坚癖，自成协同、双向调节之妙。以此药对与某些药物相伍，组成药组，互补增效，更好地发挥了其功效特长。其作用又可归纳为如下几个方面。
清热祛邪
柴胡、牡蛎相伍，虽如上所述可用于内伤外感之热。奈人之发热，天时、地理、禀赋、受邪性质均有不同，则发热之兼夹症状自亦有别。通过药组的作用，就有了分别不同的适应症。
配伍举例
（1）柴牡配防风：防风通治四季风邪，与柴胡合用内和肠胃，配牡蛎消胸膈之满，对流行性感冒，发热肢体酸楚，胸痞脘胀纳减者，以此退热和中，最为适宜。
（2）柴牡配桂枝：桂枝辛温开腠，外能卫阳，内调肠胃，与柴牡相配能理表虚邪实之证。尤其是素体有寒，骨节烦痛，四肢风痛之外感发热及咳喘痰饮宿恙，而又新感寒邪者。更为相宜。
（3）柴牡配葛根：葛根甘平，为阳阴经药，解肌透疹，内清腑热，生津止渴，其升举清阳之功与柴胡不谋而合；疗血痢、温疟又与牡蛎正配。对素体脾虚、大便易溏、复感风热，发热口渴，泄泻腹痞者有良效。
（4）柴牡配白薇：白薇性苦微寒，善清血热，可治阴虚发热之症。佐柴牡清痰热、止咳嗽、调经治带、利水通淋，既适用于素体阴虚者外盛内伤之发热，对妇女更年期综合征寒热来去不定、郁冒莫明其状者亦允治之。
（5）柴牡配黄芩：黄芩上清肺热，下泄大肠，与柴牡配伍疗湿热黄疸、肠澼下利、发背乳痈。黄芩尚有降压镇静、解痉安胎作用，得柴胡之升清举陷，煅牡蛎之补肾安神、平惊痛。临床应用于子痫及孕期感染性发热者。
（6）柴牡配豆豉：豆豉辛苦而寒，宜散胸膈之邪，发汗而不伤阳，柴胡擅透少阳气分郁热，牡蛎能除胁下痞热。得此三者犹如桅子豉汤之表里双解，而更清轻平稳，可免桅子苦寒易致便溏伤中之弊。
（7）柴牡配知母：知母苦寒清热与柴牡疏导寒热邪气合用，对肺热咳喘、发热咽痛、痰黄而稠、兼见大便秘结等实热之证，以及阴虚劳热消渴，皆有清热泄结之功。
（8）柴牡配石膏：石膏甘辛大寒，清解实热，与柴胡合力，除渴饮，平谵妄，与牡蛎同功，提高机体抗病能力。
（9）柴牡配人参：仲景小柴胡汤用人参，其旨在扶正祛邪而非补益，柴牡《本经》言“延年”、“除邪气”能治虚劳邪热，即现称之“免疫失调性疾病”之长期发热，即属此范畴。
（10）柴牡配附子：附子强心，峻补元阳，温通十二经；柴胡善除胸胁苦满；牡蛎敛阴潜阳固脱，三者同用可救阴阳乖戾之重证。如患者素来心肺功能不全，复感邪发热不解，而见气促面浮、咳逆倚息、腹满足肿、小便不利、脉来短细等症，用以回阳救逆，补而助散，常可稳中取胜。
（11）柴牡配龙胆草：龙胆草泻肝胆实火，除下焦湿热。与柴牡合用，得柴胡清扬之力，合牡蛎潜行之能，凡肝经热盛，目赤头痛，疮疡痈肿，阴囊肿痛，阴部湿痒，热痢、黄疸等，用之咸宜。使湿热外透内泄，上下分消也。
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