【R语言】如何利用SNP的rs号提取坐标信息

前面给大家介绍了

【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息

我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。如下图所示，这里只有SNP的rs号，和染色体号，并没有具体的坐标信息，那么我们怎么得到具体的坐标位置呢？

今天小编就继续使用biomaRt这个R包来给大家演示一下如何通过SNP的rs号来得到具体的染色体上的坐标位置

#安装biomaRt包BiocManager::install("biomaRt")
#加载biomaRt包library(biomaRt)
#选择数据库和数据集snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP",  dataset="hsapiens_snp" )
#从文件中读取SNP的rs号snp_ids = read.table("SNP_list.txt",stringsAsFactors = F)[[1]]#attributes设置需要显示的SNP信息，包括rs号，染色体号和起始位点snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start")
#获取snp的相关坐标信息snp_locations = getBM(attributes=snp_attributes, filters="snp_filter", values=snp_ids, mart=snp_mart)#输出结果snp_locations

你会得到如下信息：

SNP_list.txt的信息如下

rs12735723rs28936676rs28936677rs28937588rs28939710rs701753rs28937893rs1799945rs1800562rs2435322rs28937907rs1050828rs28941774rs28941775rs28931595rs28942074rs28942075rs28942076rs28938175rs34197769rs40433


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