如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

   前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据

☞ 新版TCGA数据库RNAseq数据下载

☞ 新版TCGA数据库miRNA数据下载

☞ 【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据

以及如何合并成矩阵

☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵

☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵

☞ 零代码合并新版TCGA中RNAseq和miRNA表达谱

☞ R代码合并TCGA体细胞突变数据

☞ 【R实战】使用maftools复现SCI文章中的体细胞突变瀑布图

今天小编就来跟大家聊聊，如何从TCGA数据库中下载DNA甲基化数据。我们还是以TCGA-CHOL（胆管癌）这套数据给大家举例。

1. 打开TCGA数据库官网，https://portal.gdc.cancer.gov/。在对话框中输入想要查找的肿瘤的名称。这里以TCGA-CHOL这套数据为例。点击PR, TCGA-CHOL。

2. 点击Methylation Array后面的36（Cases数）。TCGA里面的DNA甲基化数据大多数是采用illumina的450K甲基化芯片检测得到的。

3. 在跳转的页面中，点击左上角的Files，然后勾选Methylation Beta Value。这个时候，文件数就从原来的145个变成了45个。最后点击Add All Files to Cart。