肿瘤免疫分值数据库—ESTIMATE

    我们经常在一些研究免疫浸润的文章中看到Stromal score, Immune score and ESTIMATE score这三种分值。

1）stromal score（肿瘤组织中的基质）

2）immune score （肿瘤组织中的免疫细胞浸润）

3）estimate score （肿瘤纯度）

肿瘤微环境，肿瘤中免疫细胞和基质细胞的比例对预后有显着影响，在肿瘤微环境中，免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且研究表明对于肿瘤的诊断和预后评估具有重要价值。基于ESTIMATE算法计算的免疫评分和基质评分有助于肿瘤中免疫和基质成分的定量。在该算法中，通过分析免疫和基质细胞的特定基因表达特征来计算免疫和基质评分，以预测非肿瘤细胞的浸润。

前面小编就跟大家分享过

☞ 肿瘤微环境生信高分套路

☞ 如何合并ESTIMATEScore和生存时间

今天小编来具体跟大家聊一聊，如何从ESTIMATE数据库

（https://bioinformatics.mdanderson.org/estimate/）下载TCGA中多种肿瘤的StromalScore，ImmuneScore和ESTIMATEScore。

1.首先我们打开ESTIMATE数据库的主页。

2. 在页面的下方找到，summary of Data。在表格中找到你感兴趣的肿瘤的类型。

3. 我们以宫颈癌为例，点击红框中的数字。

4.在跳转的页面中点击download进行下载

5.最终我们就能得到cervical_carcinoma_RNAseqV2.txt这个文件。第一列是样本ID号，从第二列到第三列分别为Stromal score, Immune score and ESTIMATE score这三种分值。