埃尔利希从分子化学，后来又是从生物化学角度考虑问题，天然就具备这样一种优势——他看到所谓的病人、动物，其实不过是这些分子结构的载体，致病、治病的实质，其实不就是分子结构被改来改吗。
所以，只要能有手段直接观察到分子结构，直接改变分子结构，就可以，用什么动物，做什么方式的试验，其实都只是手段，很大程度上都是不必要的手段。
比如在后来，他就总觉得，为什么要培养动物血清？起作用的不就是特定的分子结构吗，只要能弄到同样物质的分子不就可以了——像班廷一开始想到就只能用胰腺泡出来的液体治疗，他做不到像埃尔利希那样的头脑从思考机理出发。
当然，这其中也有思维方式不同导致的这种差异性，谁让埃尔利希就出生在大陆理性著称的德国，而班廷出生在经验主义的英联邦加拿大呢。
牛吧。
埃尔利希开始的他试验时，也正由于他是从分子化学角度出发，一天到晚就是做不同含量水平的试剂，所以他的起步设定就很重要——不像科赫、班廷这些人首先要精确化手术操作——他首先考虑的，就是要量化一切。
比如，什么就是出现中毒反应？什么是抵抗力，如何衡量抵抗力大小？
一开始他使用皮下注射，有时会会造成老鼠的皮下溃烂，不太好。于是他发明了毒饼干，用饼干喂食来投毒。这种方法还可以很好地控制中毒的量——这个方法一直被用到今天，被称为埃尔利希饼干法。
他不断调整饼干量，找到了一条基准量化标准线——平均0.034克蓖麻毒蛋白可以在4天内毒死一只重20克的老鼠。这就是没有任何抗毒性的标准。
接着他减少毒素，来观察老鼠什么时候形成抵抗力。经过反复细致的比对和数据记录，他发现一个规律——老鼠对毒素的抵抗力往往是从第六天开始突然增长，到最后可以扛住四百倍的毒素量。
埃尔利希的超人洞察力和联想出现了——他居然联想到，他为数不多的临床经验中，凡是发热疾病，如肺炎、麻疹病人，也差不多都是在第六天，第七天开始退烧，这是否意味着，免疫系统的抵抗力，确实需要一段滞后期才能形成呢？
这是个非常重要的观测证据——许多药物被认为有用，很有可能与药物并无关系，而是人体的免疫系统工作的特点。——肆虐的新冠疫情和无处不在的连花清瘟就说明了这一点。
当然，连花清瘟之所以能无处不在，还有文化自信和特色政治的原因。
接着，埃尔利希继续采用培育抗毒性，然后繁殖老鼠的方式，得到一系列观测结论——只有母体才能实现免疫力的传代，免疫力传代不是靠精子或卵子，靠的是血液和乳汁，而且会趋弱；免疫力会随时间推移退化直至消失；对一种毒性的免疫力只对这种毒性有效，免疫力不是广谱有效的；免疫有主动免疫和被动免疫两类，主动免疫的效力维持得更久。
这一系列结论，几乎就是免疫学的核心理论。这些理论的得出，相比此前任何人都要花费的时间更少、动物和实验耗费更少，之所以能这样有效，都源于埃尔利希那个强悍的起步——只考虑毒素对机体的改变，量化一切，逻辑简单而清晰。
所以他才选择了最容易实验操作的动物——老鼠（传宗接代也快），而且设计出了一系列容易量化操作的方法。
头脑的厉害！
就连科赫这样的大神也吃惊不已，之前他只认为埃尔利希不过是染色技术员，可没想到他的头脑之凌厉如斯。
科赫之后连续给埃尔利希提供了两份医院的研究工作，都没有给埃尔利希开过工资，埃尔利希毫不在乎，他只在乎科赫看重自己。
科赫的另一个知名的学生贝林开始独立研制抗白喉血清，主要思路是从拥有白喉抗体的兔子身上提纯出抗毒血清，用于治疗人的白喉。
问题与后世的班廷提出胰腺素一样，总是不稳定。科赫就把埃尔利希介绍给了贝林，让埃尔利希发挥他的化学提纯才干。
埃尔利希到贝林的实验室才弄了一个月，就从两个根本点上解决了贝林的问题。一是他开发出了把抗毒血清提纯为干粉的方法，浓缩再浓缩，使用的时候再用溶液把干粉化开；二是他运用自己构建的免疫学理论，认为兔子的抗毒性有一个曲线，在一个特定时期可以达到最高峰，之后就持续下降，应当提取抗毒性在巅峰期兔子的血清。
这一双管齐下，贝林的白喉血清浓度较之前提升了60倍，临床试用立刻取得了极好的效果。
制药公司出现，要求合作开发，贝林为了把所有成果揽为己有，欺骗了埃尔利希离开自己的实验室，说是给他安排去了国家实验室，并且签署协议撇清了埃尔利希与贝林试验的关系。
埃尔利希是只要能有实验室继续自己的实验就很高兴的人，根本就搞不清这些复杂的商业利益，所以直到后来相关的药物开始上市，国家实验室也迟迟没有来任何邀请，他才明白贝林对自己做了什么，不过他也依然不在乎。
也正是这个对埃尔利希下狠手的贝林，因为在白喉治疗上的贡献，1901年获得了诺奖，也是诺奖历史上第一个医学与生理学奖项。怎么说呢？
倒是普鲁士教育部长得知了埃尔利希的存在之后，专门申请一笔款项，建立了国立血清研究所，让埃尔利希到这个研究所任职。
现在埃尔利希已经有了足够的研究阅历，可以思考更深入的生物化学问题了——抗毒血清里的东西，是怎样对毒素起作用的？
他发现一个问题，比如说抗蛇毒血清，与蛇毒混合在一起后，注射给动物，动物没有任何反应；但如果加热这种混合液，再注射给动物，抗毒血清就没用了，剩下的蛇毒却还有用，动物就会出现中毒反应。
这说明，抗毒血清并没有改变毒素什么，只不过是用某种方式抑制了毒素发挥作用。
埃尔利希开始思考，当然，他不是空想。
埃尔利希虽然不喜欢做临床，只喜欢瓶瓶罐罐，但他有个非常好的习惯——阅读。他每天都要阅读大量期刊杂志和相关领域的资料，也就是要让自己的研究始终走在这个领域的最前沿，了解最新的同行进展。
他看到了费歇尔关于糖和酶的论文，突然间又亮了。
埃米尔·费歇尔，德国科隆人。父亲是一名大商人，坚信只有经商才是正道，所以他先培养费歇尔经商。可是费歇尔不喜欢经商，经过几次失败，父亲失望了，认为费歇尔太傻，不能经商，只能去读书了。
费歇尔也只好去读书，然后在1902年就拿下了诺贝尔奖。
神人吧。
费歇尔发现的是，特定的生物酶，要对特定的分子起作用，比如他研究的葡糖苷，发现了糖分子有同分异构体，同样的分子式，但空间排列结构不一样。不同的生物酶只对特定的糖起作用。也就是，外部分子基团要对特定的组织起作用，必须与这个组织发生结构上的锁定效应，正像一把钥匙对一个锁孔一样。
埃尔利希基于费歇尔的发现，结合自己此前的系列染色研究，加上他天赋的对分子的图示化构想，他提出了一个模型——人体细胞上有很多锁，也就是分子基团，负责不同的通道和功能，一旦外来的分子基团与锁匹配上，让细胞外部分子基团发生结构变化，就会打开锁，启动相应的功能。
应用到毒素上，那就是毒素分子有某些结构，它能迷惑人体细胞上的锁，让它以为是适合自己的钥匙，因此就打开了通道，让人出现中毒反应。
而抗毒血清的作用，很有可能是模仿了人体细胞，抢先与毒素分子结合，这样毒素分子就没有机会去撬人体正常细胞的锁，也就不会出现中毒反应了。
那抗毒物质从哪来的呢？——人体免疫系统，一旦人的正常细胞遭受攻击，免疫系统就会做出过度补偿反应，生产出超量的“锁”来弥补细胞上“锁”的缺失，这些“锁”到了血液中，就成了抗体。
埃尔利希把这种细胞外侧的分子基团，专门用来打开特定通道启动功能的分子结构，称为侧链。这就是他著名的侧链模型。
之所以叫模型，不是真有个积木模型在那，而是一种猜想，是想出来的中毒和抗毒的机理。
接着埃尔利希还在试验中发现，一些毒素如破伤风毒素，当他用二硫化碳去取代掉毒素分子上的氨基之后，破伤风毒素变成无毒的了，而且，最让人惊讶的是，这种无毒的破伤风毒素，注射给动物之后，居然能让动物产生破伤风抗体！
这样埃尔利希进一步丰富了他的侧链理论——外来物的分子基团还有不同的侧链，有的是有毒性的，一旦跟细胞外部基团结合就会产生毒害作用，他把这称为毒性侧链；有的是没有毒性的，他把这称之为结合侧链。虽然没有毒性，但是可以激发免疫反应，产生抗体！
那么就可以运用这种改造手法，把毒素改造为失去毒性的类毒素，培育疫苗。
1899年，埃尔利希在法兰克福市长盛情邀请下，把血清研究所搬到了法兰克福，这里许诺给他提供更好的条件。血清研究所也因为埃尔利希要转向化学药物研究，改名为实验医疗研究所。
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