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虾病检测,你还信奉PCR技术吗?其实LAMP技术,更快更方便!

前言:

LAMP技术代表环介导等温扩增,这意味着通过环结构在等温条件下扩增DNA。LAMP最初由一群日本团队于2000年开发,LAMP已经推出的20多年,它也已普遍应用于许多领域,包括虾的疾病诊断。

LAMP技术已被开发并用于水生动物(鱼、虾)的多种疾病的诊断,由于该方法可以在1小时内完成并完成,将缩短病原体的检测时间,并已被证明具有高灵敏度和特异性。尤其是,LAMP检测技术已被应用于对虾传染病病原体的检测,包括:细菌、孢子、病毒(DNA、RNA)...,利用该技术,可以分析肝胰腺、鳃、肠、血液、肌肉、虾粪便或水样本。

LAMP技术在虾病原体诊断中的应用 (Kumar et al., 2021)

一、LAMP在孢子虫病 (EHP) 诊断中的应用

近年来,EHP的出现给养虾业带来了重大挑战,EHP感染的早期、及时和准确诊断,对于控制损失至关重要。LAMP测试是在EHP孢子壁蛋白编码基因序列上进行的。这种LAMP技术可有效检测所有临床样本中的EHP病原体,包括:虾肝胰腺、虾样本、粪便、水体和土壤。LAMP通过凝胶电泳评估提供100%的灵敏度和100%的特异性。 

检测过程快速,可在40分钟内检测出EHP病原体,并且不需要任何昂贵的仪器和技术技能。

二、LAMP诊断急性肝胰腺坏死病(AHPND)

急性肝胰腺坏死病 (AHPND)是一种严重的虾病,给养虾业造成重大损失。另外,AHPND的病原体已被确定为携带毒力基因的副溶血性弧菌。

虾有肝胰腺坏死症。

已经开发并验证了两组引物(LAMP-A2 和 LAMP-A3),可用于LAMP测定,以识别引起AHPND的副溶血性弧菌 (VpAHPND)。

LAMP-A2和LAMP-A3检测了所有33株VpAHPND,LAMP-A3的检出限为53 CFU/ml或0.1 CFU/ml(比LAMP-A2低10倍),在虾苗试验中检出限为4.4 105 CFU/ml或8,8 102CFU/ml。 

对从养虾场收集的24尾虾苗、成虾、沉积物和水样的进一步检测表明,VpAHPND主要在沉积物样品中检测到。因此,结果表明,基于LAMP-A3的LAMP测定适用于,鉴定引起虾AHPND疾病的副溶血性弧菌。

三、LAMP诊断白斑病 (WSSV)

可以使用LAMP方法,实施了一个高度敏感和特异性诊断系统来检测白斑病病毒(WSSV)。

病患有白斑病的虾。 

从WSSV基因组DNA设计了一组四个引物,两个外部引物和两个内部引物,反应时间和温度分别在65°C下优化至60分钟。这种LAMP方法的检测限高达1fg,而PCR方法的灵敏度为10fg。因此,可以使用标准化的LAMP来检测受感染虾的心脏、胃和淋巴器官中是否存在WSSV。 

有研究已经开发了一种快速且高度灵敏的诊断程序,用于检测虾中的WSSV。

四、LAMP可以诊断对虾杆状病毒(MBV) 

LAMP技术已被应用于检测斑节对虾杆状病毒 (MBV) 引起的疾病 ,MBV是对虾孵化场中常见的致病病毒,使用LAMP检测的最佳时间和温度条件分别为60分钟和63°C。

该技术对MBV具有高度特异性,而且对虾的其他病毒种类(包括 WSSV、IHHNV 和 HPV)的结果呈阴性。

LAMP的灵敏度为10 pg/ml DNA或10fg/p,在检测虾种样本中的MBV时比传统PCR灵敏10倍。

五、LAMP在传染性皮下和造血器官坏死病毒 (IHHNV) 诊断中的应用

LAMP设计4条引物,应用于检测IHHNV。在64°C等温条件下,目标DNA在60分钟内在琼脂板上被扩增和显现。目前,LAMP的检测IHHNV的灵敏度,比PCR高100倍。

五、LAMP诊断黄头病 (YHV)

逆转录环介导等温扩增 (RT-LAMP) 是为检测黄头病毒 (YHV) 结构糖蛋白基因而开发的。RT-LAMP检测是一种新型基因扩增方法,可在等温条件下使用一组专门设计用于识别六种不同靶序列的四种引物,以高特异性和灵敏度快速扩增核酸。

整个过程非常简单快速,反应时间和温度分别优化为65℃反应时间为60分钟。标准化的RT-LAMP用于检测受感染虾的血液和鳃中的YHV,同时确定RT-LAMP技术的灵敏度,当感染YHV的虾,使用RT-LAMP在10-6稀释的浓度下可以被检测到,而RT-PCR在稀释度为10-7时被检测到,这个结果表明,灵敏度RT-LAMP仅比RT-PCR低10倍。 

对于RT-LAMP的特异性,对WSSV、TSV和RNA的结果均为阴性,证明RT-LAMP方法对YHV具有高度的特异性。因此,RT-LAMP技术非常快速、经济、高灵敏度和特异性,并有可能用于快速诊断以检测虾中的YHV。

图解用于 RT-LAMP (A) 的两个内部引物(FIP和BIP)和两个外部引物(F3和B3)的示意图。 

六、LAMP诊断陶拉综合征(TSV)

RT-LAMP方法将可以为南美白对虾检测STV病原体,TSV检测的时间和温度条件在63°C下优化至60分钟,这种技术的特异性是在其他虾病原体(YHV、WSSV)的核酸上进行的,所有这些病原体都给出了阴性结果。

RT-LAMP检测TSV的灵敏度是RT-PCR的10倍,但不如嵌套式RT-PCR灵敏,而且这种方法更方便、快捷,不需要复杂的PCR仪器。

七、LAMP技术优点

LAMP执行时间比PCR快。PCR的平均时间约为2.5-3小时,而LAMP的平均时间约为1-1.5小时。这对于疾病的快速诊断和鉴定尤为重要;而且,LAMP反应的结果可以直接在普通光下或紫外光下观察。

另外,LAMP系统不需要很多设备,此外,该系统不需要电力(因为可以使用保温袋或保温袋)。因此,可以减少运输时间,检测速度快,携带方便,经济效益高。适用于基础设施缺乏、科技薄弱的养虾地区。


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