美国海军水面舰队指挥官汤姆斯·罗顿少将（Vice Adm. Thomas Rowden）在2016年9月宣布美国海军正式对濒海战斗舰的运用方式进行重大变革，最重要的是放弃LCS的核心要素──通过快速变更模块（包含装备与人员）而在前线就可以转变任务的能力，这项变革具体是指：
原本濒海战斗舰人员区分为核心组员与任务组员，任务组员根据任务模块的变更实时跟进，改革后的濒海战斗舰转为固定的70名人员常态编组，如要执行航空操作任务时，增加直升机组员后总人数约为93名；
原本濒海战斗舰采用三组人员轮流操作两艘、其中一艘处于部署状态（简称3：2：1），另一艘没有被部署的则在基地或训练状态。改革成（7：4：3 ）方案，称为“蓝/金+”（Blue/Gold Plus），以七组人员轮流操作四艘濒海战斗舰，其中三艘濒海战斗舰处于海外部署状态，每艘部署中的濒海战斗舰各以蓝/金两组人员轮换，第四艘处于训练状态，固定部署一组船员；这种方案使得濒海战斗舰队比先前的（3：2：1）轮调方式能有更多可部署值勤的数量，不过需要更多人员；
原本濒海战斗舰的构想是独立级和自由级两种船型可以混合部署在同一个单位，改革后所有自由级都编制在美国东岸佛罗里达州的梅波特军港（Naval Station Mayport），而独立级则都编制在西岸的圣地亚哥军港（Naval Station San Diego）。这是因为梅港的泊位空间比较窄，比较适合部署单体的自由级，而宽得多的三体船独立级则适合部署在圣港宽敞的泊位。
美国海军重组濒海战斗舰项目的架构一周年之际，濒海战斗舰队一直在遵循新的规划进行重组和过渡，目的只有一个——提高濒海战斗舰的战备率，而新规划和原本的设想早已经大相径庭。
所有濒海战斗舰划入的两个中队，一个是位于西海岸圣地亚哥的第1濒海战斗舰战队（LCSRON 1），另一个则是位于东海岸梅波特的第2濒海战斗舰战队（LCSRON 2），其中第1战队将由4个分队组成，包括一个测试分队、一个反潜战分队、一个水面战分队和一个反水雷战分队，第2战队则由3个分队组成，缺少类似第1战队的测试分队。
每个分队将由4艘濒海战斗舰组成，除了测试中队外，每个作战分队中都将分配1艘濒海战斗舰专职作为训练舰使用，另外3艘则用于作战部署，这是根据目前下单的28艘濒海战斗舰所做的编制计划，然而濒海战斗舰数量突破28艘已是定局，未来编制上会对额外的濒海战斗舰做何变动仍有待观察；两个濒海战斗舰战队中，第1战队的第11分队即将成立，该分队将专注水面战，分队所属的4艘独立级LCS中，LCS-6杰克逊将作为训练舰，其余3艘，即LCS-8蒙哥马利、LCS-10布里埃尔·吉福德和LCS-12奥马哈则将投入作战部署。
担任测试舰和训练舰的濒海战斗舰采用单组舰员编制，执行海外部署任务的濒海战斗舰则分别各配属金队和蓝队两组舰员，通过“换人不换船”的方法增加濒海战斗舰的海外部署时间；濒海战斗舰战队的指挥官职能和权限相当有限，不像驱逐舰战队的指挥官可以在战时获得一定战场指挥权，其任务就只是抓日常训练，抓维护保养，以求最大化濒海战斗舰的战备率。
新规划将每艘濒海战斗舰所执行的任务都固定在了某一方面，但其在96小时内切换任务模块的能力纹丝未动，单一任务的分队编制也只是用于和平时期的编组方式，而美国海军正在为濒海战斗舰设计一套战时机制，让各分队的舰员进行交叉训练，例如训练专注反水雷战的濒海战斗舰舰员，让其在必要的时候可以参与水面战；如果情况十万火急，训练舰和测试舰也能放下手中的本职工作，披挂上阵执行作战任务。
濒海战斗舰项目的架构重组受到了舰队的好评，舰员的训练水平得以大大提高，不同队的舰员间的关系更为密切，有利于经验的传承；另外，前两年美国海军还只有4艘濒海战斗舰在役，既要负责任务模块的测试工作又要进行海外部署，任务繁重，使得舰员的训练时间和质量大大降低，这些情况随着濒海战斗舰的大规模入役以及架构重组，将一去不复返，而濒海战斗舰也终于可以将重心放在作战部署上。
但濒海战斗舰的转变路上依旧存在一些障碍，其中一个就是人员，新规划让每个分队的4艘濒海战斗舰都需要7组舰员，多于以往的6组舰员，而且提升了对岸上人员分担维护和保养工作的依赖度；此外，还有经费这个老大难问题，濒海战斗舰的架构重组已经开始，但要到2019财年财才能全面铺开，不过好在其得到军方高层，如水面战司令的支持，为濒海战斗舰四处奔波游走，希望可以提前得到相应经费，更快完成过渡和重组。
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