原始财务报表与申报报表差异较大的问题

各位同仁： 目前手头项目遇到原始财务报表与申报报表差异较大的问题。企业2009年（报告期第一年）的原始财务报表与申报报表差异较大，主要体现在涉及的调整科目较多，个别科目金额较大（几百万），但是并不涉及少缴所得税的情况。主要是当时的审计会计师事务所确实不大靠谱，从2010年起改换目前的会计师事务所（发行人审计机构），对2009年报表进行了大量调整，并进行了2010年的年度审计。（2009年的差异比较表比较的不好看） 目前保代的意见是，出于谨慎角度考虑，应该把2009年从报告期里撇出去，也准备和会计师以及会计师所里的委员进一步沟通。这个问题我也把握不准，想请教下各位有没有遇到类似问题，会里目前的政策是什么？