洪武十五年(1382)设立华盖、武英、文华三殿及文渊、东阁二阁，殿阁均设大学士，加之仁宗时所立谨身殿大学士，共有四殿二阁，构成明代殿阁的基本规模。
明成祖即位之初，“遂开内阁于东角门内”，令阁臣入直文渊阁(又称“入文渊阁办事”，更有称“学文渊阁事”者)，永乐十八年(1420)迁都北京后，内阁则设在午门内东南角办公，终永乐之世，三殿与东阁都不曾设，内阁也就成为人们对文渊阁的一种对称。以阁臣入直文渊阁而言，仁宣以至崇祯朝相沿无异。
永乐二十.二年(1424)八月、九月，仁宗分别晋杨士奇为华盖殿大学士，杨荣为太子少博谨身殿大学士，金幼孜为太子少保武英殿大学士、黄淮为武英殿大学士。
洪熙元年(1425)又授权谨为文华殿大学士，具有权力意义的阁制于此已基本齐备，洪熙元年、仁宗还于思善门内建弘文阁，命翰林学士杨浦掌阁事，并亲自将阁印授予杨溥，云：“朕用卿等于左右，非止助益学问，也欲广知民事，为理道耶?卿等有所建自，即用封识以进。”尽管弘文阁也以“广知民事”之用，但它并没有列入具有内阁意义的殿阁之内。
值得注意的是，杨溥虽然此时未为某阁大学士，却也与杨士奇、杨荣等入阁典礼。另外，仁宗时殿阁的序次也已规定下来，即依次为华盖殿、谨身殿、文华殿、武英殿、文渊阁与东阁。这样做当然是为了在阁臣之间形成一种等级，同时也便于皇帝不断地加官示恩。正是由于殿阁在权力的与否与大小上存在着差异，因而我们所说的内阁机构的变化实际上就是指文渊阁及其附属办事机构的变化。
这里有两点需要指出，一是殿阁大学士不一定是内阁成员，只有在内阁办事才算入阁。二是阁臣没有固定官品。凡内阁大学士加公孤或太子三师三少，则为正、从一品；加尚书，正二品；加侍郎，正三品；若未加官止系大学士者，正五品。明代六部尚书以吏部尚书权力最重，仁、宜时期还没有吏部尚书入阁的，至景泰三年(1452年)，王文才以左都御史进吏部尚书人阁。随着阁臣品秩的增高，内阁的地位也就越来越显赫。
明朝法定的最高行政长官是六部尚书，直接对皇帝负责，内阁不得挟制。但是到了嘉靖、万历时期则发生了变化，内阁插到了皇帝和六部之间。到张居正创行考成法，以内阁控制六科，以六科控制六部，更是明显地凌驾于六部之上，取代了吏部、都察院的部分权力。
值得注意的是，内阁与闻大政，操纵部权，得到了皇帝的认同。万历十一年(1583年)，御史魏允贞疏陈救弊四事，首条即为阁臣不得干预吏、兵二部事。首辅张四维当即疏辨云：“今因前臣(指张居正)行私，而欲臣不必与闻吏、兵之事。臣良获优逸，将使主上日焦万机，与百司相酬应乎?”神宗当即答复：“阁臣辅理，自当与闻大政。”因此，从明代起，一个普遍的看法是，这一阶段内阁首辅“无宰相之名，行宰相之实”。
内阁，特别是首辅权力过重，给明朝权力分配带来新的矛盾：
一是本来已经消弥的皇权与相权的矛盾又有复张的兆头。《天府广记》卷一〇引明朝人何良俊的话说：“夫威权日盛，则谤议日积，谤议日积，则祸患日深，故自世宗以来，宰相未有能保全身名而去者。”杨廷和、张瑰被迫致仕。夏言被杀于市。严嵩罢官后被抄家。高拱被轰赶出朝廷。张居正死后籍没。总之，权力过大的首辅几乎都没有好下场。
二是内阁内部争夺首辅地位的斗争日益突出，阁臣之间勾心斗角，相互倾轧。如嘉靖时，张瑰在阁，“其为次，则出首之上；为首，则恶次之近。”
严嵩在阁二十一年，最后也被阁僚徐阶搬倒。隆庆时，内阁首辅徐阶又与阁僚高拱相攻，以后张居正又取代高拱。
三是六部不甘权力被夺，在张居正之后重新与内阁抗衡，阁部之争进一步发展。这些斗争对明朝政局影响很大。
张居正之后的阁臣，鉴于前面夏言、严嵩、张居正的结局，一方面明哲保身，不求进取，对皇帝一味委蛇取容。另一方面又在朝中树立朋党，以巩固自身在阁中的地位。
万历中期开始的东林党会议，就与阁权之争、阁部之争密切相关。从此，内阁的尊荣地位逐渐消失。到了天启年间，阁臣拜倒在魏忠贤门下，蝇营蚊附，成为宦官的附庸。崇祯朝，阁臣调动频仍，十七年间竟用五十名阁臣，内阁走到了下坡路的尽头。
顺治十五年(1658)七月，清王朝参照明制，改内三院为内阁。大学士改加殿、阁衔，称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士” (乾隆十三年去掉中和殿，增入体仁阁，成为三殿三阁)。
大学士品级改为正五品，这也是参照明制，是怕阁权过重，特降低大学士品秩，借以抑制。原来合于内三院的翰林官，这时仍旧分出，恢复了翰林院。院内三院的职官也减少了一些，裁去侍读学士一人，侍读二人，典籍三人。十六年(1659)又裁满汉学士(原有者以原官留任，以后不补)。满洲侍读学士以下各官，俱改为中书舍人。
这时的内阁，虽然已具掌握最高政权中枢机关的雏形，但因其领导人大学士降低了品秩，又减少了办事人员，其权任反较顺治初年之内三院为轻了。
自康熙九年(1670)恢复内阁以后，大学士无定员。以下设满学士二人，满、蒙、汉侍读学士八人，满、蒙、汉侍读十二人，满、汉典籍六人。十年(1671)增满、汉学士八人。十六年(1677)又增设满侍读三人。
内阁大学士的品级，到雍正八年(1730)满、汉俱定为正一品。至此，大学士成为清王朝最高的官员，犹如历朝的丞相。《清史稿·大学士年表序》说：“清大学士满、汉两途，勋高位极，乃以相授……其品列皆首文班。任军机者，自亲王外，其领袖者必大学士，唐、元三公尚不及也。”这都说明大学士的地位，是极为优崇的。
协办大学士，犹如宋之参知政事，为大学士之副职。初非额设，遇有大学士在内廷行走或奉差在外者，才另简人员协办阁务。
最早为雍正元年至五年间(1723-1727)有署大学士。二年有协理大学士。六年又有额外的大学士。十年至十三年(1732一1735)复设有协理大学士。到乾隆四年(1739)才有协办大学士，以后并改为常设。其品级，比大学士稍低，为从一品。
内阁学士的品级为从二品，均兼侍郎衔(乾隆五十八年以后裁兼衔)。他们的职掌是：满学士掌奏本章，汉学士掌批“题本”(内外官员汇报皇帝之文书)，按其应有权任，并不仅此。如康熙二十一年(1682)谕：“学士乃参赞政事之官，如有所见，应行启奏。近来并无与议者，若惟送本接本，用一笔帖式足矣，何必设立学士?此后各有所见，俱令敷陈”。虽有此谕，可是一般任学士者，仍是按部就班作一些例行之事，远不如军机章京职资之重。
内阁人员的额数，据《大清会典》、《清史稿》等书记载，规定为：大学士满、汉各二人，协办大学士满、汉各一人，学士满六人汉四人，典籍满、汉、汉军(编入八旗之汉人)各二人，侍读学士满四人，蒙、汉各二人，侍读满十人，蒙、汉、汉军各二人，委署侍读无定员，中书满七十人，蒙十六人，汉三十人，汉军八人，贴写中书满四十人，蒙古六人(以上各员额历有增减)，撰文中书无定员。供事六十二人。总人数是二百八十八人(委署侍读是由典籍内派委，撰文中书是由中书内派委，都不占额数)。
清内阁自天聪十年(1636)内三院起，至宣统三年(1911)止掌握国政有二百七十多年之久，但其权势不是始终如一的，是屡有演变的。初设内三院时，尚在关外，并有议政处分其权，那时只是粗具后改内阁的规模。
顺治入关后，即加重内三院职权，特命令条陈政事或外国(对外)机密或奇特谋略都赴内院转奏。并定内三院品级与六部同(先是第六部一级)。这时内三院权势，已较初设时提高了一些。
顺治十五年(1658)正式改为内阁，只是抄袭明代官制，并不是加强内阁职权，相反降低了大学士品级(正五品)，并减少了它的职官，这时内阁的权势，反低于内三院。
到顺治十八年(1661)复改回内三院，大学士品级又改与六部尚书同。康熙九年(1670)恢复内阁，大学士仍兼殿、阁衔，并兼尚书。这时内阁在表面上似是加强了职权，但实际上，先是有辅政大臣专权，康熙亲政后，虽然取消了辅政大臣，而南书房掌批答诏旨，实有权力。
虽然如此，这时的军国机要，仍归内阁。到雍正八年(1730)，大学士升为正一品，在各部尚书之上(尚书为从一品)，当时虽已设军机处，然任军机大臣者，除亲王外，其首领必是大学士，所以当时的大学士，是勋高位极，因称内阁为“宰辅”。这时的内阁，还可以说是“表率百寮”因“掌议天下之政”的最高执政机关。
于乾隆二年(1737)复设军机处之后(军机处停了二年)，机要章奏都下到军机处，颁发诏旨都由军机大臣撰拟，“政本悉出机庭”，内阁主要职掌票拟本章，变成寻常吏事。《清史稿·大学士年表序》说：“雍正以后，承旨寄信有军机处，内阁宰辅，名存而已”(“雍正以后”是指设军机处后，雍正间军机处还只是掌军事，说它总揽军国大计，实在乾降以后)。
苏何《簪醉杂记》也说：“凡明发谕旨，皆由军机撰拟，寄信上谕，亦由军机封发，而内阁之任遂轻。是后凡阁臣不入枢府(军机处)者，则一切要政皆不得预闻，宰相备位而已。”原来具有宰相身份的内阁大学士，成为进爵的虚衔，称为“宰辅”的内阁，沦为办理例行政务颁发文告的机关。
到光绪二十七年(1901)废止了题本，内阁更成了“闲曹”了。这时的内阁公署，仅成了储存档案之所(公署比邻内阁大库)。宜统三年(1911)四月，责任内阁成立，旧内阁废。
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