唐宋时期，五台山已经是佛教界地位隆崇的圣地，这里高僧大德云集，当时人以能到五台山朝拜为荣，吸引了佛教界的目光，日本遣唐僧人圆仁留下的《入唐求法巡礼行记》和宋代日本僧人成寻的《参天台五台山记》为我们留下了解当时五台山的珍贵资料，也是了解唐宋中国历史珍贵的资料，至今还吸引着学者们的目光。
元朝，五台山又迎来了一个新的身份——成为了藏传佛教的圣地！因为文殊菩萨无论在汉传佛教还是藏传佛教都是一位极具影响力的菩萨，所以，文殊菩萨的道场五台山，自然也吸引着蒙藏佛教徒。
公元1257年，藏族高僧八思巴巡礼五台山，标志着喇嘛教传入五台山。八思巴，吐蕃萨斯迦（今西藏萨迦）人，元朝第一任国师、帝师，北京城的选址者、设计者、规划者。1251年，年仅17岁的八思巴成为萨迦派（花教）教主，是著名的萨迦派第五祖。1257年，蒙古汗国宪宗七年，成吉思汗之孙、拖雷长子蒙哥在位时期，距离1271年忽必烈建立元朝还有14年；南宋宝祐五年，南宋第五位皇帝宋理宗赵昀（yún）在位时期，距离1279南宋灭亡还有22年。
八思巴在藏传佛教及元朝帝国的地位及影响力，他的朝台及价值取向，对整个藏传佛教地区及皇家有巨大的影响力。元朝，藏传佛教为国教，而五台山是唯一的藏传佛教名山，所以国家对五台山的重视也不遗余力，所以，整个元朝，可以说五台山是一枝独秀。
今天，我们还能看到这个时期留下来的建筑——大白塔。五台山大白塔是五台山的标志，是阿尼哥晚年的作品。阿尼哥，尼波罗国（今尼泊尔）人，八思巴的嫡传弟子，深受帝师八思巴的赏识，也是元朝著名的建筑师。
明清时期，因为五台山在藏传佛教的地位，是汉、满、蒙、藏共同的圣地，所以明朝、清朝政府为了怀柔蒙、藏，对五台山极力支持，五台山迎来了自己再次的辉煌！五台山再次与皇家结缘，明朝皇帝与五台山相关事迹载录如下：
洪武三年（公元1370年），明太祖朱元璋诏见五台山高僧壁峰禅师，赐紫衣、金钵等；
洪武七年（公元1374年），明太祖朱元璋诏见到五台山瞻仰文殊圣容的印度高僧具生吉祥及其弟子底哇答思，赐物赐诗，赐予度牒，还命他们随方演教；
永乐元年（公元1403年），明成祖朱棣下诏书迎请番僧哈立麻进京。1406 年冬天，哈立麻至京，1407 年三月，成祖遣使送其去往五台山大显通寺。1408 年，遣僧俗人等修建了大显通寺和佛舍利塔，完工之后，还“敕五台十寺为国祝寿”，又命五台县“月给僧粮”，支持五台山宗教活动；
永乐十二年（公元1414年），黄教祖师宗喀巴的弟子释迦也失到五台山巡礼弘法。当年冬天入京，受到明成祖朱棣的盛情接待。1415 年封其为“妙觉圆通慈慧普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师”，释迦也失在五台山断断续续住了四年，多在显通寺，夏季也至普宁寺（今圆照寺）居住、修行，他还在五台山修建了寿宁、普明、普宁、普恩、塔院五座黄庙，将黄教传人五台山，对五台山佛教影响深远；
正统七年（公元1445年），明英宗朱祁镇敕造《大藏经》，送五台山普恩寺，永充供养。天顺二年（公元1458），英宗敕谕护持五台山显通寺曰：“五台乃名胜之地，古刹所在……朕命僧录觉义、从铃住持，率所在僧徒，自在修行。今特颁敕护持，凡本寺及合山诸寺，不许一应官员军民人等侵扰，以沮坏其教，违者以法罪之。”是年，又敕造五部《大藏经》，安于五座台顶。
正德七年（公元1512 年），明武宗朱厚照敕梵僧朵而只坚于中台顶建寺 1 所，铸铁为瓦，赐额演教，敕旨护持；
明万历年间，五台山佛教更加兴盛。万历七年（公元1579年），明神宗朱翊钧遣太监范江、李友重修塔院寺舍利塔。1585 年，敕造《大藏经》，布诸天下名山，敕送五台山 2藏。1598 年，遣太监王忠、曹奉于 5 个台顶和狮子窝设弘福万寿报国佑民吉祥大斋。1599 年，先后三次敕送《大藏经》，分别藏于狮子窝、中台和北台。同年八月，遣官 5 人，在 5 座台顶作祝延圣寿道场。1600 年，又敕送佛经3藏，安置于东、南、西 3 台，并在五台山设龙会，赐全山僧人锡杖、衣钵1200付。
明代释镇澄《清凉山志》是我们了解这个时候五台山的重要资料。我们可以看到这个时候台怀镇逐渐开始取代台顶的地位。按照该书记录，当时五台山内主要寺庙大概 68 座，重要寺庙如大显通寺、大宝塔院寺、大圆照寺等一直保存至今。
清朝时期，五台山迎来了一个重要的身份——章嘉呼图克图的驻锡之地。章嘉呼图克图，清代掌管西藏以东，主要是内蒙古地区喇嘛教格鲁派最大转世活佛。从康熙年间至清末，朝廷让章嘉呼图克图一直住在五台山镇海寺，五台山成为了藏传佛教的中心。同时也迎来了大量的皇帝朝台，清朝时期是皇帝到五台山最多的朝代。
清朝皇家笃信佛教，顺治皇帝到底有没有在五台山出家，至今仍然争执不休，而康雍乾三帝多次巡幸五台山，这是不争的事实。皇帝朝台，沿途一定要大建行宫，而五台山的无上殊荣，也因帝王的到访而得以彰显，有清一朝，共有四位皇帝共13次巡幸五台山——康熙五次、雍正一次（继位前）、乾隆六次、嘉庆一次。嘉庆皇帝于嘉庆十六年（1811）巡幸五台山，这是清朝历史上最后一位巡幸五台山的皇帝。
皇帝巡幸五台山，一路上需要修建不同形式的休憩场所，像行宫、尖营、座落等建筑。从清朝《五台山道路全图》、《晋政辑要》等资料中我们可以大概了解清朝五台山建筑分布情况。
清朝《五台山道路全图》介绍当时的行宫“长城领至台麓行宫 11 里 4 分，自台麓行宫至金刚窟尖营 15 里，自金刚窟尖营至白云寺行宫 17 里 7 分，自白云寺行宫至台怀行宫 16里 4 分，自长城领行宫至台怀行宫共 60 里 5 分”。
结合“清朝《五台山道路全图》”以及《晋政辑要》来看，康雍乾时期五台山共有三处行宫、三处尖营和 17处座落。三处行宫指的是台麓寺、白云寺及台怀行宫（不包括菩萨顶）；三处尖营分别指涌泉寺、金刚库、宽滩村；17处座落分别指明月池、镇海寺、千佛洞、金灯寺、金阁寺、清凉寺、显通寺、罗睺寺、塔院寺、
殊像寺、菩萨顶、寿宁寺、玉花池、大螺顶、碧山寺、金刚窟及普乐院。座落的建筑规模均不太大，以三四间居多，大多依托某一座寺院而建， 一般在寺院的某一侧或某一角，为一独立院落。
清朝时期五台山的寺庙大多数集中在台怀镇附近，台怀行宫修建在佛教寺庙最集中的区域，位于今塔院寺前，规模宏伟壮丽，占地约300亩，当地人俗称皇城，现在尚保留有行宫宫门的遗址。除了行宫之外，通往台怀镇中的建筑规模均不太大，佛教寺庙也以三间小庙为主，很少有两进院落以上，而17 座重要寺庙大多具有两进以上院落，规模较为宏大，而且集中在台怀镇附近，由此可见当时的台怀镇就是整个五台山佛教的中心，而其中又以“显通寺”、“菩萨顶”、“塔院寺”、“罗睺寺”四座寺庙规模较大，几乎可以与“台怀行宫”一致。因而可以推断，当时在台怀镇的佛教寺庙中，这四座寺庙的建筑规模是可以与皇帝行宫不相上下的，必然是整个五台山佛教寺庙中的核心寺庙，在皇帝眼中，具有举足轻重的地位。
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