功能富集分析方法

GO分析

        Gene Ontology(基因本体)，将基因的功能分成了三个部分：细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF）、生物过程（biological process, BP）。其中，Cellular component表示基因（更准备来说是基因的表达产物）在细胞中的定位，如细胞核？细胞质？核仁？Biological process则是说明基因参与了哪些生物学过程，比如rRNA加工，DNA复制；Molecular function则用来表示基因在分子层面的功能。因此，GO分析结果中富集于同一条通路中的基因只表示这些基因在功能上有关联，但这些基因之间并不一定存在相互作用或者上下游关系。

Pathway分析

Pathway，即通路，是存在上下游关系的一群基因的集合。因此Pathway分析结果中富集于同一条通路中的基因是存在上下游调控关系的。

STRING分析

STRING是一个收集和整理有关蛋白质与蛋白质相互作用，并能预测蛋白质与蛋白质之间关系的数据库。因此STRING分析结果中，富集与同一网络中的基因是存在蛋白质-蛋白质相互作用的。