凌恩生物客户四川农业大学动物科学学院近期在《Frontiers in Microbiology》期刊上(IF=6.064)发表的“Heat Stress Weakens the Skin Barrier Function in Sturgeon by Decreasing Mucus Secretion and Disrupting the Mucosal Microbiota.”研究论文中,通过转录组与16S全长扩增子联合分析,证明了热应激对鲟鱼皮肤不良影响主要表现为粘液分泌减少和粘膜微生物群紊乱。
测定了9个样本的转录组,每个样本的clean reads数量在2400~3400万之间,通过5个数据库注释,获得了172,158个带有注释信息的unigenes。在三个比较组(MS与C、HS与C、HS与MS)中共检测到28,072个差异表达基因(DEGs),为了分析响应不同温度的基因,绘制了维恩图(图1A)。两个比较组共有3,903个DEGs,其中包括1,652个功能注释基因,转录组分析确定“ECM-受体相互作用”的通路(图1B),与蛋白质合成相关的通路(例如,蛋白质消化和吸收,内质网中的蛋白质加工)显著富集,“甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢”和“粘蛋白型O-聚糖生物合成”通路也显著富集,表明受到热应激影响显著。同时分析了轻度热应激和高热应激刺激后非共有注释基因的表达差异,分别鉴定出1,494和3,032个非共有注释基因(图2)。转录组分析确定“角质形成细胞分化”和“角质化”功能相关基因在MS与C组中高度富集。图1 MS vs C组和HS vs C组中共有DEG的Venn图和KEGG富集分析
Heat Stress Weakens the Skin Barrier Function in Sturgeon by Decreasing Mucus Secretion and Disrupting the Mucosal Microbiota. Frontiers in Microbiology, 2022.