明朝初期，由于沿海地区时常遭受倭寇袭扰，再加上张士诚、方国珍残部与倭寇勾结，朱元璋称帝后曾遣使与日本交涉，结果五名使者被怀良亲王所杀。此后，由于倭寇时常袭扰，而部分日本大名又态度傲慢，导致两国关系极为紧张。然而，即便如此，朱元璋却将日本列入了“不征之国”，严禁子孙后代对其武力征讨，这又是为什么呢？
从元末时期开始，便已经有倭寇袭扰沿海，朱元璋称帝后诏谕四方，然而仍有倭寇“乘中国未定，寇掠沿海”。与此同时，还有张士诚、方国珍的残部逃亡海上，时常与倭寇勾结劫掠货船和袭扰沿海地区，因此朱元璋对日本从一开始就几乎没有任何好感。
洪武二年（1369年）三月，朱元璋派杨载出使日本，国书中明确提到，“宜朝则来廷，不则修兵自固。倘必为寇盗，即命将徂征耳，王其图之”。然而，由于当时日本正处于南北朝时期，收到国书的乃是南朝征西将军怀良亲王，他不仅没有臣服，反而杀了使团中的五人，又将杨载扣留了三个月才放回，而倭寇则仍然横行浙江、福建一带等地。
由于当时对日本局势不明，明朝以为怀良便是日本国王，因此眼见倭寇闹的不停，明朝又于洪武三年（1370年）三月派莱州同知赵秩前往日本，谴责“国王怀良”，迫于国内的局势，怀良亲王这次并未太过为难赵秩，派遣了僧人前往大明奉表称臣，送来了贡马和特产，并释放了此前劫掠的七十余人。
洪武四年（1371年）十月，怀良亲王的使者抵达京城，明太祖朱元璋对此大为欣喜，设宴犒劳使臣。在得知日本民间崇信佛教后，朱元璋还命僧人祖阐、克勤等八人与日本使者一同回国，又给“国王怀良”送去了《大统历》和文绮、纱罗等。
这次来往虽然使得双方关系缓和了很多，但恐怕令朱元璋怎么也没有想到，怀良亲王于洪武五年（1372年）便由于战败而退隐了。而此后与大明往来的日本使团，完全就是假借“日本国王怀良”的名义，因此非但没能禁止倭寇的袭扰，就连前往日本的祖阐等人也被拘留了两年才被放回，以致两国的关系始终较为恶劣。
洪武七年（1374年）七月，有大名派僧人宣闻溪等假借“国王怀良”名义前来朝贡，由于没有国书奏表，朱元璋并未理会。不久，又有其他岛屿的大明派遣僧人来朝贡，朱元璋以以不能代表日本国王为名不予理会，并以倭寇时常袭扰为由，名中书省行文责备。
此后，洪武九年（1376年）、洪武十二年（1379年）、洪武十三年（1380年）、洪武十四年（1381年）、洪武十九年（1386年）先后有日本大名派遣使臣，或以“国王怀良”的名义，或以“征夷将军源义满”的名义前来朝贡，但由于时常有倭寇袭扰的原因，朱元璋对其全部予以拒绝，并多次行文谴责日本“国王怀良”和“征夷将军源义满”。
洪武十九年（1386年），“林贤案”爆发，朱元璋查明胡惟庸曾派林贤前往日本，意图借助日本方面的力量谋反，而日本方面也的确派了僧人如瑶等人以朝贡为名，意图行刺自己，只是因为当时胡惟庸已死这才作罢。于是，林贤最终被诛灭九族，而朱元璋也就此中断了与日本的来往。
也正因此，在多年后钦定《皇明祖训》时，虽然朱元璋也将日本列入了“不征之国”，但在其国名旁边，却特别标明“虽朝实诈，暗通奸臣胡惟庸谋为不轨，故绝之”。
从以上明朝与日本的来往历史可以看出，明朝初期与日本的关系较为恶劣。按理来说，既然双方关系如此恶劣，明朝不征讨日本也就罢了，朱元璋反而将其列入了“不征之国”，这又是为什么呢？
原因之一：并非主要对手，没有征讨必要。朱元璋在《皇明祖训》中明确说道，“四方诸夷，皆限山隔海，僻在一隅；得其地不足以供给，得其民不足以使令”。意思是说，这些国家隔山望海、偏居一隅，就算得到了其土地和百姓，反而由于交通不便而无法有效统治，反而要付出极大的统治代价，完全就是不划算的买卖。
紧接着，朱元璋在《皇明祖训》中又写道，“但胡戎与西北边境，互相密迩，累世战争，必选将练兵，时谨备之”。北方的蒙古等草原部落不仅与大明接壤，而且自古以来双方便征战不休，这才是应该重点防御的对象，应该时刻予以防备。
可见，将日本列入不征之国，朱元璋还是经过深思熟虑的，倭寇虽然时常袭扰，但由于双方隔着大海，并不会对大明造成多么严重的损失，而劳师远征又实在有些划不来。
原因之二：元朝前车之鉴，征讨代价太大。事实上，面对倭寇的不断袭扰，以及日本方面回书的语气，朱元璋并非没有过动兵的想法，但经过认真思虑后，朱元璋最终还是放弃了使用武力，而其中一个重要原因，便是元朝两次出兵日本，结果因遭遇飓风而遭遇惨败的前车之鉴。
例如《明史·日本列传》中便提到，洪武十四年（1381年），朱元璋曾致书日本，谴责其国王和征夷将军，并意图动用武力，而“国王怀良”则给明朝回书，意思日本并不怕明朝动武，“帝得表愠甚，终鉴蒙古之辙，不加兵也”。
原因之三：急需恢复国力，水师战力不行。在经历了元末明初的战乱，再加上明朝初年连年对北元动武（洪武年间曾先后十三次北伐），此时的大明急需要迅速稳定国内形势和恢复国内经济，此时再远征日本显然不是个明智选择。
此外，此时的大明水师并不具备远洋作战能力，曾三次到访过大明的日本僧人祖来，曾给日本大名写了几封信（1988年公开），其中分析了明朝不可能对日动武的理由，其中明确提到，此时的明朝水师剿灭海盗尚且吃力，更遑论远征日本。而组建水师又并非一日之功，且需要大量钱财，对于此事的大明来说显然有些不合时宜。
由于以上三点原因，朱元璋非但始终没有对日本动武，反而将其列入了“不征之国”。当然，不征讨日本，也不代表明朝不予以防范，为了减轻“倭患”，朱元璋主要采取了两项措施。
一是中断与日本的贸易来往，朱元璋先后多次下令实施海禁政策，洪武三年（1370年）“罢太仓黄渡市舶司”，洪武四年（1371年）又颁布“禁海令”，规定：“……仍禁濒海民不得私出海”，洪武七年（1374年）则撤销了福建泉州、浙江明州和广东广州三次市舶司。
二是加强沿海卫所战力，洪武六年（1373年）任命于显为总兵官，巡视倭寇时常出入的地区。洪武二十年（1387年），派江夏侯周德兴前往福建滨海四郡，修筑城墙一十六座，并从拥有三个男丁的百姓家中抽取一个男丁充当戍卒，增设四十五个巡检司，共计新增兵力1.5万人。又令信国公汤和巡视浙东、浙西，整顿海防，修筑城墙五十九座，又从每户有四个男丁便抽取一人充当戍卒，从而新增兵力五万八千七百余人，分别戍守各个卫所。闰六月，朝廷又命令苻坚准备海船一百搜，广东准备两百艘，于同年九月在浙江等地搜捕倭寇。
如上，朱元璋之所以将日本列入“不征之国”，主要是受限于当时的明朝局势。在北元威胁仍然存在，而日本又远在海外的情况下，根本没有必要武力征讨，再加上元朝的前车之鉴，以及当时明朝的水师战力，迫使朱元璋不得不放弃武力征讨。
题外话：《皇明祖训》中提到的“不征之国”一共有十五个，分别是：朝鲜国（今朝鲜）、日本国（今日本）、大琉球国、小琉球国、安南国（今越南北部）、真腊国（今柬埔寨）、暹罗国（今泰国）、占城国（今越南南部）、苏门答剌（今苏门答腊岛八昔）、西洋国（今科罗曼德尔海岸）、爪洼国（今爪哇岛）、湓亨国（今马来半岛）、白花国（今苏门答腊岛西北部）、三弗齐国（今苏门答腊岛巨港）、渤泥国（今文莱）。
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