在早期文明中，哲学和科学是不分家的。那时哲学所涉及的范围比今天狭义上哲学的范围要大得多。哲学在西方的语言中，是由前缀“热爱”和词干“智慧”构成。我们现在一般认为，这个词是毕达哥拉斯创造的，当然也有人有不同的意见。
在毕达哥拉斯的时代里，哲学和自然科学是分不开的。毕达哥拉斯认为，数是世界的本源，万物皆数，这是他对世界的认识。从那个时候开始，古希腊人就一直在思考关于世界本源的问题。
到了亚里士多德时期，他把哲学分为了形而上的和形而下的，形而下的被他称为物理学，就是我们今天所说的自然科学，形而上的则是在自然科学之上的哲学和方法论。
不过，亚里士多德的划分并没有从此将哲学研究和自然科学研究分开。到了中世纪，哲学研究主要体现为对神学的研究，而自然科学的研究则变成了对实验科学的研究，两者会产生一定的矛盾。因为实验看到的结果可能用神学解释不了。
等到了欧洲中世纪，著名经院派哲学家和神学家阿奎纳出现时，他基于亚里士多德的学说和科学方法，将科学和神学合二为一，写成了《神学大全》这一巨著。这套书今天码放在书架上，能有一米多长。阿奎纳的做法产生了两个影响，一方面，他把科学放到了神学的保护之下，让教士们可以不受干扰地研究科学；另一方面，也导致了科学研究的教条主义。简单说，就是但凡亚里士多德说的都不能改。到了中世纪后期，亚里士多德的结论更是被教会定为了金科玉律。人们面对自然现象的时候，首先会尝试用亚里士多德的理论来解释。但是随着时代发展，越来越多的现象无法再用亚里士多德的理论解释的时候，科学家提出了新的科学定理，同时也就推翻了亚里士多德的结论。这也是为什么近代以来人们常说，科学研究的过程几乎等同于推翻亚里士多德结论的缘故。
等到近代科学革命之前，科学和哲学虽然还没有完全分家，但是研究自然科学的学者们会强调他们研究的是自然哲学，也就是科学。
我们都知道牛顿有本影响世界的巨著，叫做《自然哲学的数学原理》，其实就是科学背后的数学原理。但是当时没有“科学家”这个词，因此牛顿和之前的笛卡尔等人都被称为自然哲学家。而另外一些大学者，包括笛卡尔、莱布尼茨和培根，他们既是自然科学家，也是哲学家。又或者，像德国古典哲学的创始人康德，他的科学素养也很深，早年也研究过科学。只是后来，他把注意力放在了哲学上，特别是认识论上。
“科学家”一词直到1834年才由英国神学家和科学史家威廉·惠威尔（William Whewell）发明出来。从此，人们也就不再称呼科学为自然哲学了。此后，由于学科越分越细，就很难再有像亚里士多德、笛卡尔和莱布尼茨这样既是科学家，又是哲学家的人了。到了20世纪又出现了一些学者，专门研究如何有效地进行科学研究，他们被称为科学哲学家，比如杜威、波普尔等人。
从哲学和科学的发展历史你可以看出，它们是紧密相连的。事实上，最了不起的科学家，通常都有独到的哲学见解。
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