康熙年间，虽然大规模的武装抗清斗争已基本结束，但民族对立的问题依然存在，加之清政府始终实行的是民族歧视和民族压迫的政策，汉民族感情上受到的创伤一时无法弥合， “朱三太子”就成为了人们反抗民族压迫的一面旗帜，而至于“朱三太子”到底是谁、真假如何，反倒不重要了。
南明永历小朝廷灭亡之后，清政权基本上已确立了对全国的统治，但这并不意味着清王朝可以高枕无忧了，零星的反抗还不时暴发，特别是明朝皇室的子弟，在汉族人心中还有一定的号召力，而“朱三太子”，就是反复被反抗力量拿来作旗帜的一张虎皮。
明朝末帝崇祯生有七子，直至明末时，有三子存活，就是太子朱慈烺和定王、永王两个皇子。崇祯吊死煤山，太子和两个皇子逃出京城，藏匿在了民间。
崇祯的这三个儿子，一下子就吸引了清王朝和各种反清势力的目光，由于他们的身份，清王朝是必欲除之而后快，而各种反清势力则寄希望于他们的号召力而带动反清大业。
一时间各种“朱三太子”迭出不穷。
顺治初年，南京与北京都出现号称自己是明皇室太子的人，一时轰动朝野。清廷抓住了自称是太子朱慈烺的人，以假冒之罪杀死。
顺治八年(1651年)冬，安徽太平府捕获了一个称自己是“崇祯第三子，名慈焕”的青年；十月三日，陕西隆德县王道真称自己是明天启东宫太子；顺治十六年(1659年)，清政府在河南柘城又发现张缙冒充故明皇四子案，并收缴铜印一颗……
到了康熙年间，明皇子潜匿民间的传闻越传越广，打着“朱三太子”旗号抵抗清统治的也越来越多，康熙十二年(1673年)底，北京爆发了杨起隆诈称“朱三太子”案。
1673年，镇守云贵的吴三桂面临康熙的“削藩”，于是举兵反清，消息传到京城后，杨起隆计划于1674年的元旦在城内放火为号起义。
1673年12月21日晚，杨起隆等三十余人在鼓楼西街周公直家召开秘密会议，对起义作了很严密的部署：他们决定建年号“广德”，参加起义者称“中兴官兵”，定于二十三日五更，“以白布裹头，红布披身为号，约于京城内外放火举事”。但万万没想到有人告密，杨起隆遂于22日仓促发动起义。
清廷很快围歼了所谓“义军”，杨起隆等数人杀出重围逃离了北京，清廷京城大肆搜捕，数百人被捕，上千人受牵连， 200余人被处死，并在全国通缉“朱三太子”杨起隆。
要说这杨起隆也挺有本事的，整整三年，清政府愣是没找着这个人，不但没找着，在福建又冒出了一位“朱三太子”，这次是一个叫蔡寅的人，这个人是福建漳州府龙溪县马口乡人，“以种园为生”。
1677年，郑成功的儿子郑经在泉州、漳州被清军击败后撤往厦门，蔡寅遂“收其余党，诈称朱三太子，交泉州人许挺为内应”，3月19日夜，蔡寅派人潜入泉州城，试图里应外合夺回泉州，但许挺被擒杀，起义失败，蔡寅等“斩关而出，人以为神附者日众，蔓延漳、泉间，派粮以食，头裹白布，时人谓之白头贼”。这支“白头军”最终发展到了数万人，在南靖、长泰、同安等地活动，后被清军击败，蔡寅投奔了郑经，被封为荡卤将军，改名蔡明文。
1679年冬，和硕安亲王岳乐奏称，在湖南新化县僧寺抓获崇祯皇子朱慈灿。
朱慈灿供称12岁时遭“闯乱”，逃到南京却被福王关到狱中，后释为民，流落到了河南，随朽木和尚为僧，浪迹江西、湖广20余年，因病还俗，到达永州、宝庆一带。
朱慈灿称自己并无意反清，只求苟活于世，各种以“朱三太子”名义起兵，均是假借其名号而已。
康熙帝说:“朕曾就此事向旧明太监询问，当时朱慈灿年纪尚幼，肯定不能逃出京城，现在怎能还活着，大约是假太子。朕思索已过了这么长时间，太子至今方现身，自然最近的太子是冒充的。”
康熙命将太子押送京师再行审议，经与杨起隆案在押的同党对质，“俱不识”。于康熙十九年(1680年)五月，朱慈灿被斩首示从众。
这个太子，无论真假，必然是死，而康熙一口咬定太子是假，是有其考虑的。民间反清运动一直不断，而清军当初入关，是打着帮明王朝复仇的旗号而来，如果说这个太子是真的而杀了他，必然更不利于清王朝的统治，所以只能说他是假冒太子。
过了不久，又有朱慈璊自称“朱三太子，广散札付”，在陕西汉中、兴安一带活动，图谋反清。
朱慈璊原名朱次门，本是杨起隆同党，跟随杨起隆起义失败后，逃出北京，改姓任，以道土身份在汉中ー带活动，此人被捕时，清军在他身边同时收缴了“伪安国大将军木印、札付及兵械等”，后被处死。
层出不穷的“朱三太子”令康熙如芒在背，后雍正曾说:“康熙年间，各处奸徒生事，动不动就以朱三太子为名……指不胜屈。”
康熙年间，虽然大规模的武装抗清斗争已基本结束，但民族对立的问题依然存在，加之清政府始终实行的是民族歧视和民族压迫的政策，汉民族感情上受到的创伤一时无法弥合， “朱三太子”就成为了人们反抗民族压迫的一面旗帜，而至于“朱三太子”到底是谁、真假如何，反倒不重要了。
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