推荐一个实用的转录调控数据库,帮你找转录因子结合位点、预测靶基因、找ChIP-seq数据...
来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD(Gene Transcription Regulation Database),为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源,并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。
ChIP-seq是一种广泛用于识别给定转录因子结合区域的技术。基于全球大量的ChIP-seq数据集积累,已建立了一些专有数据库。但是这些数据库没有集成来自不同ChIP-seq实验数据提供非冗余的转录因子结合位点(TFBSs)集。
为了弥补这个不足,研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD。GTRD从SRA、GEO、ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的ChIP-seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点。该数据库自发布以来,一直在保持更新。
GTRD和其他基于ChIP-seq数据的数据库比较
用户可根据转录因子查询相关ChIP-seq实验数据,首页点击“Start”,搜索框输入转录因子名称,即可在下面窗口展示查询结果。
在高级搜索功能中,用户可根据基因和转录因子的信息,搜索转录因子结合位点情况。
在高级搜索功能中,用户还可根据转录因子的信息预测其靶基因,查询结果以基因列表的形式反馈。
用户可以根据9种物种信息+样本类型/转录因子信息浏览GTRD中的数据。
点击首页“download”按钮可下载GTRD中的数据。
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