如何使用CRISPRCasdb?
CRISPRCasdb为用户提供核酸序列/宏基因组序列CRISPR&Cas查询、基于菌株列表/菌株分类的数据浏览、BLAST、分析程序/数据下载功能。用户可以在导航栏或首页选择相关功能按钮进行分析。
还有哪些基于web的
CRISPR&Cas分析数据库?
研究团队还将CRISPRCasdb与其他基于web的CRISPR&Cas分析数据库进行了比较。
比较CRISPRCasdb与其他基于web的CRISPR&Cas数据库
CRISPI
https://crispi.genouest.org/
主要致力于CRISPR序列的识别;
CRISPRBank
http://bioanalysis.otago.ac.nz/CRISPRBank/
包括来自2733个菌株的CRISPR序列和Cas基因,可通过查询重复序列和间隔区访问;
CRISPRminer
http://www.microbiome-bigdata.com/CRISPRminer
提供了一个完整的和初步的原核生物基因组的CRISPR和cas基因数据,以及关于自我靶向、抗CRISPR基因和原型间隔区性质的其他信息。基因组可以通过提供菌株名称或RefSeq ID或分类来浏览。
CRISPRone
http://omics.informatics.indiana.edu/CRISPRone/
与CRISPRminer一样,以图形方式显示CRISPR序列和cas基因,并提供文件详细说明重复序列和间隔区。
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