用户可通过首页快速搜索框输入想要检索的转录因子或者目标基因来进行基本的搜索。
得到搜索结果表:包括数据来源的物种、数据类型、转录因子和靶标情况、两个基因相关性分析、转录因子motif等。
用户可以在Search页面通过gene symbol、Entrez ID和Ensembl gene ID进行精准搜索。返回的结果包括基于特定条件下确定的所有重要调控子的t-SNE图,不同细胞类型/簇的maker表达热图和注释,查询TF和下游靶基因形成的调控网络,每个细胞/样本中该TF的调节子活性,TF表达谱的t-SNE图,每个细胞类型/簇的TF表达的小提琴图,以及相关TF-target的详细信息表。
此外,搜索页面上的“comparison”功能可以让用户方便地比较人和鼠的任意两种情况下的GRN,这可能有助于用户对基因调控有更多的了解。
在“Browse”页面上,用户可以浏览184种不同条件下人类和小鼠中TF–target的详细信息。浏览结果包括基于在所选条件中检测到的所有重要调控子的t-SNE图,细胞/样本、调控子、TF、靶基因和TF-target的数量的统计条形图,以及所有已识别的TF-target的详细表格。
为了促进基因表达的探索,GRNdb允许用户在“Expression”页面上同时查询一系列基因的表达谱。查询基因的数量没有限制,输入的格式可以是gene symbol、Entrez ID和Ensembl gene ID。将返回每个细胞/样本中基因表达的t-SNE图和每个细胞类型/簇中基因表达的小提琴图。
在“Survival”页面上开发了33种不同TCGA癌症的生存分析功能。查询基因的数量没有限制,输入的格式可以是gene symbol、Entrez ID和Ensembl gene ID。