> ENCODE:最初于2003年启动,旨在确定约1%的人类基因组的调节功能。尽管ENCODE主要关注细胞系,但最近的更新包括一些来自人脑、原代神经元或神经元细胞系的组学数据(即截至2020年12月在人脑器官中进行的449次实验)。
> Roadmap Epigenomics:主要从人类血液和22种组织类型收集RNA-seq、ChIP-seq(组蛋白)、DNase-seq和甲基化数据。截至2020年12月,ENCODE实验矩阵显示了Roadmap中发布的2154个多组学人类数据集,包括158个与成人和胎儿人脑相关的数据集。
> FANTOM:在过去20年中,FANTOM联盟收集了大量资源,以了解健康人/小鼠细胞和组织的转录调控,包括非编码转录。FANTOM数据已被用于多种多组学工具,例如HACER,整合FANTOM 5、表达数量性状位点(eQTL)数据库、来自ENCODE的转录因子结合位点(TFBSs)、新生RNA测序(GRO/PRO-seq)和Hi-C数据,包括脑细胞特异性分析。
> GTEx:旨在描述不同个体和人体不同组织的基因表达水平的变化。GTEx有多个脑区的转录组图谱,样本量相当大。
> OmicsDI:是一个搜索多组学数据集的平台。它整合了来自多个数据库的蛋白质组学、基因组学、代谢组学和转录组学数据集。截至2020年12月,使用关键词“大脑”搜索产生了116261个结果,其中10个是多组学数据集。
> Allen Brain Atlas:收集了两个个体的大脑约900个神经解剖切片的表达谱和MRI检测结果,有效地证明了基因表达与空间定位相关。进一步的发展包括收集发育中的人类和小鼠大脑、老化、痴呆、创伤性脑损伤(TBI)和IVY胶质母细胞瘤图谱项目的时间和空间基因表达。最新补充的内容包括人类、小鼠和恒河猴皮层、海马、脊髓各部分的scRNA-seq和原位杂交,以及丘脑的比较细胞解剖学信息。虽然基因表达是Allen Brain Atlas的主要重点,但电生理和形态学数据的可用性使其成为大脑空间转录组学的独特资源。
> PsychENCODE:PsychENCODE 数据以最大的大脑集合(2793 个独特的捐赠者)为特色,包括精神分裂症、双相情感障碍和自闭症在内的对照和疾病组数据。额叶皮质是该联盟研究的主要脑区。PsychENCODE 数据是评估人脑组学群体变异的最佳数据之一,其正在进入其第二阶段,重点是单细胞数据。
> AMP-AD:其目标是应用尖端的系统和网络生物学方法,将来自2000多个阿尔茨海默病(AD)各阶段的人脑的多维人类分子数据(基因组、表观基因组、RNA、蛋白质组)与临床和病理数据相结合。其中贡献最多多组学数据的三个最大的AMP-AD研究是ROSMAP、MSBB和MayoRNAseq。AMP-AD数据集连同其他AD项目被托管在最大的AD研究数据门户之一:https://adknowledgeportal.synapse.org。
> AMP-PD:旨在通过对现有队列中的PD患者数据和生物样本进行深入的分子特征分析和纵向临床分析,确定和验证帕金森病(PD)的诊断、预后和/或疾病进展生物标志物。总共有8461个RNA-seq数据集(来自n = 3274名参与者)以及统一的临床数据可在AMP-PD网站的当前版本中获得,为研究帕金森病的进展提供巨大的资源。AMP-PD项目将其数据托管在谷歌云平台(GCP),并建议用户通过Terra平台(http://app.terra.bio/)访问、运行分析工具并进行合作。
> BRAINcode:BRAINcode的建立是为了通过对人类神经元基因组、转录组和表观基因组的综合分析,解码易患神经退行性疾病的大脑神经元的功能。在最初的版本中,它包括大约100个死后大脑中激光捕获的50000个神经元的ribo-depleted总RNA的测序结果。BRAINcode的新阶段重点是对另外200个人类大脑进行单核RNA-seq、单核ATAC-seq、空间转录组和单细胞eQTL。相关网站:http://www.humanbraincode.org
> CommonMind:CMC从四个独立的脑库中生成了一个公共的功能基因组数据资源,这些数据来自于1000个个体的背外侧前额叶皮层,包括501个对照组,353个被诊断为精神分裂症的个体和120个双相情感障碍患者。基因组数据包括980人的RNA-seq和SNP分型以及269人的ATAC-seq数据,其中264人是RNA-seq的子集。原始数据和经过处理的数据都可以在Synapse平台上获得,网址是:http://CommonMind.org。
> BrainSeq:BrainSeq是Lieber脑发育研究所和制药公司领导的一个项目,旨在描述主要神经精神疾病和对照组样本中不同大脑区域转录组的遗传和表观遗传调控。该联盟的第一阶段包括对738名跨越整个生命期和三个主要的精神病诊断组(精神分裂症、严重抑郁症和双相情感障碍)的受试者进行DLPFC polyA+ RNA-seq。第二阶段扩大到海马区,对551名跨越整个生命期的受试者和成年精神分裂症患者进行RiboZero-treated total RNA-seq。第二阶段还包括Illumina 450 k芯片数据,用于海马和DLPFC的DNA甲基化分析。同时BrainSeq还提供了发育和精神分裂症相关的基因图谱和eQTL资源:http://eqtl.brainseq.org。值得注意的是,Lieber研究所还发起了非洲血统神经科学研究计划。
> NeMO:是一个数据存储库,专门用于存储和共享由BRAIN Initiative和相关脑研究项目产生的组学数据。NeMO数据包括人类、小鼠和狨猴的转录活性、甲基化、组蛋白修饰谱和染色质可及性。目前在BICCN网站上对人类数据的搜索显示,有418个样本的scRNA-seq(n = 412)和scATAC-seq(n = 6)可以公开访问。更多人脑单细胞组学数据(例如,用于定义细胞类型特异性3D表观基因组的单细胞PLAC-seq、ATAC-seq、RNA-seq数据)可在NeMO上通过受限访问获得。