黄巾军既平，汉灵帝大赦天下，改年号为中平。
张角为首的黄巾军主力被镇压，标志着黄巾起义失败。
这场轰轰烈烈的起义，经过十余年的精心准备，却短短九个月就宣告失败。
之后，黄巾余部和各地的农民武装，仍然坚持斗争。
起义军的称号也各自不同，千奇百怪，但很接地气，基本都是根据为首将领特征而来。
如说话声音大的就自称雷公，骑白马的就叫张白骑，行动轻便的就说是飞燕，胡须多的就号称于氐根，大眼的就说大目，嘴巴大的就是大嘴，等等。
中平二年（185）二月，朝廷日益腐败，百姓不堪重负，自黄巾起义后，西及益州（今四川、贵州和云南北部），南至交趾（今广东、广西一带），北至幽州（今河北、辽宁一带），各地义军纷纷起事。
张牛角、褚飞燕、黄龙、左校、于氐根、张白骑、刘石、左髭文八、平汉大计、司隶缘城、雷公、浮云、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目，白绕、眭固、苦蝤等等，简直举不胜举。
这些队伍大的有二三万人，小的有六七千人，青州黄巾军更是超过百万，黑山军也有百万部众。
义军攻城掠县，诛杀官吏，声势浩大，此起彼伏，形成燎原之势。
博陵（今河北蠡县）人张牛角，趁黄巾起义之机聚众起义，自称将军，与真定（今河北正定南）人褚燕合兵一处。
大家共推张牛角为首领，进兵攻打瘿陶（今河北宁晋县）。
张牛角被流箭射中，身受重伤，临死之前，命令部下尊奉褚燕为首领。
褚燕身轻如燕，骁勇善战，有个外号叫“飞燕”。
为了纪念张牛角，褚飞燕改姓张，唤作张燕。
当时的黄巾军以青徐部、褚燕和张牛角部规模最大，张牛角手下就有五十余万兵马。
这些义军活动在中山、常山、赵郡、上党、河内等地太行山脉之中，山脉南端有座山叫黑山，改名后的张燕眼看黄巾军气数已近，就将自己的队伍改名黑山军，黑山地区其他义军纷纷来投，达到百万之众，又称“黑山贼”，不断侵扰黄河以北各郡县，东汉朝廷无力围剿。
各州郡官员为了镇压黄巾军，招兵买马，拥兵自重，渐渐地不听朝廷号令，实力强大的，甚至明目张胆打起了郡县的主意，与盗贼无异。
张燕关注局势发展，觉得还是官方的外衣名正言顺，于是派使者到京师洛阳，上书朝廷，请求归降。
汉灵帝刘宏任命张燕为平难中郎将，负责管理黄河以北山区的行政及治安事务，每年可以向朝廷推荐孝廉，派遣计吏到洛阳去汇报，相当于太守之职。
中平五年（188年），黄巾余部郭大等在白波谷（今山西襄汾）聚众起义，攻打太原（治今山西太原）、河东（治今山西夏县西北）等郡。
四月，汝南郡（治今河南平舆北）葛陂（古湖泊名，在今河南新蔡北）黄巾军再起，攻没郡县。
十月，青州（治今山东淄博）、徐州（治今山东郯城）黄巾军又起，攻略郡县。
十一月，东汉朝廷派下军校尉鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾。
双方大战于葛陂，鲍鸿军败，次年二月以征战无功下狱死。
黄巾各部此伏彼起，声势复盛。
中平五年（188），巴郡（今重庆北嘉陵江北岸）黄巾军起，巴郡板楯蛮乘势再起，攻打郡县，抄略城邑。
东汉朝廷派遣西园上军别部司马赵瑾率军进讨，随即将板楯蛮平定。
同年，益州马相、赵祗等在绵竹（今四川绵竹东南）领导农民起义，也自号黄巾，旬月之间，攻破广汉、巴郡、犍为数郡，杀益州刺史郗俭，队伍发展到十余万人。
马相自称“天子”，后被益州从事贾龙所破。
青州黄巾一度发展到拥众百万，战斗力也很强，长期在青、徐、兖、冀四州流动作战，给当地的封建割据势力和豪强地主以沉重的打击。
青州黄巾军后来虽被迫接受曹操的收编，但徐和、司马俱和管承领导的黄巾军仍分别在济南、乐安、长广等地活动，一直坚持到建安十二年（207年），还攻杀了济南王刘赟。
黄巾起义以及在它影响下的各族人民起义，从汉灵帝中平元年（184年）到汉献帝建安中叶（207年），持续进行了二十多年的英勇斗争，给东汉王朝以沉重打击。
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