今天介绍文章“Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma”（综合空间分析揭示了胶质母细胞瘤的多层结构）。
引言
神经胶质瘤包含不同状态的恶性细胞。在这里，我们结合空间转录组学，空间蛋白质组学和计算方法来定义胶质瘤的细胞状态和揭示它们的组织。
研究方法
图一：实验设计和每个样品的斑点分类。
A.实验设计与患者队列。
B.通过对150个分析基因的染色体位置进行基因分选。
C.ZH1019 T1对比度增强和ZH1019浸润样品的空间图中有恶性程度标记的斑点。
D.血管和缺氧簇的ZH916块的每个样本Leiden和NMF聚类。
图二：导出和注释空间元程序。
A.创建的元程序(MP)生成方法的方案。
B.基于基因同一性重叠的相似性矩阵。
C.编号的簇对应的选定基因的表。
D.富集空间元程序与先前从顶部指示的研究中定义的基因集。
E.显示了分配给每个MP点的比例。
图三：胶质瘤的空间分布特征。
A.CODEX实验、图像处理和计算分析原理工作流程。
B.由CODEX分析的蛋白质标记。
C.通过Z评分每个细胞类型(或状态)的相对蛋白质表达。
D.代表性例子的CODEX染色。
E.显示所有样品的细胞类型/状态丰度。
F.细胞类型/状态注释的空间图单细胞数据。
G.显示假斑点频率的累积分布图。
H.示例CODEX图像覆盖伪点网格细胞类型状态。
图四：细胞状态和组织区域的空间分布。
A.说明空间一致性评分计算的方案。
B.采样的MP空间相干性，误差线显示标准差。
C.所有样本的MP平均空间相干性。
D.描述组织区域分配的方案。
E.每个样本中不同组织模式的相对丰度热图。
F.恶性MP的空间一致性评分盒图。
G.基于H&E染色的结构化区域比例。
图五：跨尺度状态之间的空间关联。
A.描述MP跨尺度之间空间关系的三个测量方案。
B.嵌套的圆形图描绘了跨分辨率尺度的空间关系强度。
C.显示结构化和无组织化区域中不同分析之间显著相互作用的数量的线性图。
D.突出显示来自耦合单元类型的图像。
E.结构化样本中跨尺度的状态总结热图。
F.代表正常脑细胞类型或Vasc与恶性状态之间耦合的网络图。
结论
我们的研究结果表明，缺氧在驱动整体组织结构和特定的5层组织中起主要作用。用GBM类器官进行的初步实验表明，这些模型不能忠实地概括人类肿瘤组织。
参考文献：Spatiotemporal of molecular pathology in amyotrophic.
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