大多情况下，一座寺院里只有一个藏经阁，但是智化寺有两个藏经阁，一个是藏殿的转轮藏，一个是如来殿的藏经橱。
转轮藏是能旋转的收藏佛经的橱柜，“藏” （zàng），在这里是容纳收藏的意思。
智化寺藏殿内的转轮藏是北京仅有的一座明代八角形转轮藏，时间上稍晚于河北正定宋代所制隆兴寺转轮藏，稍早于清代所制雍和宫和颐和园的转轮藏。
转轮藏固定在汉白玉石须弥底座之上，自身不能转动，需要人围着转轮藏顺时针转动。
为什么会有两个藏经阁呢？这还要从智化寺初建时说起。
智化寺建成于明正统九年（1444年），是明英宗朱祁镇宠信的司礼监太监王振敕建的家庙。
据专家考证，智化寺整座寺院原本就是王振的旧宅，王振是舍宅建寺，以备将来养老之用的。
智化寺初建时的占地面积达2公顷多。
1928 年北平市寺庙登记时，智化寺“面积土基二十六亩，平房共计一百九十九间”，“庙内法物有铜像六位，泥像、木像七十一位”。
藏殿是智化殿的西配殿，因殿内存八角形转轮藏而得名。
转轮藏通高约4米，呈八角形，由汉白玉石须弥底座、木质八面经橱及顶端面东而坐的毗卢遮那佛三部分组成。
转轮藏的须弥座从下到上有8层雕刻精美的纹饰，分别是如意卷云纹、宝珠、卷草纹、俯莲、二龙戏珠、仰莲、卷草纹、缠枝莲托八宝。
八宝即轮、螺、伞、盖、花、罐、鱼、长这八种寓意吉祥如意的纹饰。
转轮藏上面雕刻有一些动物的形象，这些动物组合起来，叫做六挐具。分别是顶部的大鹏金翅鸟、龙女和角柱上的鲸鱼、童男、狮王、象王。
六拏具是藏传佛教艺术最常见的图像，常用在佛像的背光和门券上作装饰。智化寺转轮藏除了六拏具的装饰以外，还增加了金刚和菩萨，转轮藏八个转角处均浮雕金刚力士。
在转轮藏经橱及角柱的表面上都书写有佛教的兰札体梵字，这些梵字大多是诸佛及菩萨的种子字或是各种经咒。这些种子字和经咒与智化寺钟楼内的铜钟上铸造的梵字能够相互对应。
转轮藏八根圆形角柱表面自上而下阴刻观音六字真言和八宝图案，抽屉边框阴刻有梵文经咒和缠枝莲花，均在红色漆面使用阴刻描金工艺进行装饰，极为精致。
每面经橱置9排5列抽屉存放大藏经，每个抽屉表面刻有佛龛，佛龛内浮雕一尊释迦像，抽屉上书写千字文用于经书检索。
中国古代由“天地玄黄”到“焉哉乎也”一千个不重复的汉字组成千字文，古代经书多以千字文排序检索。智化寺转轮藏从正东面右上角“天”字起，至东北面左下角“洞”字止，共639字，可存放经书639函。
转轮藏顶部的多重莲花宝座上，端坐有一尊毗卢遮那佛像，也就是三身佛中的法身佛，双手施“智拳印”，肉髻高耸，肩宽面阔，胸肌饱满，具有典型的明代永宣宫廷造像的特点。
转轮藏上方藻井，详见智化寺现存唯一藻井，因位置特殊躲过一劫
明正统十四年（1449年），明英宗朱祁镇因土木之变被俘失去皇位，王振也死于乱军之中。明景帝朱祁钰登基，智化寺虽受皇家推崇，但因王振的关系，转轮藏内的经书被取出。
天顺元年（1457年）英宗朱祁镇复辟，重新登上帝位的英宗在智化寺里为王振立“旌忠祠”，并树碑立传。《英宗谕祭王振碑》碑文是这样记载的：王振受到仁宗、宣宗、英宗的重用，在土木之变中引刀自刎。
如来殿东侧的曲尺形藏经橱前矗立的石碑是立于天顺六年的《英宗颁赐藏经碑》。
永乐年间明成祖朱棣命人刊刻大藏经，明英宗年间（天顺六年）大藏经刊刻完成，英宗皇帝给国内许多寺院敕赐大藏经，赐给智化寺的这一套大藏经就曾安放在本殿两侧高大精美的曲尺形藏经橱中。
《英宗颁赐藏经碑》碑文中写到：“……智化寺僧众念诵，不可借与他人，更不可损坏遗失，否则严惩不贷。”
曲尺形藏经橱共有660个抽屉，抽屉刻有千字文，以便检索佛经。经橱上下的雕刻精细繁缛，上檐有梵文真言和八宝纹，须弥座刻有如意云纹、卷草纹、莲瓣纹、宝相花纹等。
据工作人员介绍，藏经橱内依然存有明朝刊刻的大藏经。
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